本文以冬虫夏草、蛹虫草、球孢虫草、高雄山虫草、虫花以及一株新型虫草冬虫夏草H六种具有代表性的虫草菌为试验材料，利用高效液相色谱、GPC、气相色谱、红外吸收光谱等技术手段，对虫草主要有效成分—核苷类成分和多糖类成分进行了比较分析，并建立了不同虫草的指纹图谱。研究结果如下：（1）虫草核苷类成分HPLC分析方法建立试验中，通过提取方法比较选择实验和正交实验确立了虫草核苷类成分最佳提取工艺：取1.0g样品，加50mL超纯水，超声提取20min时所得核苷得率最高。同时在考察当前常用的HPLC色谱方法基础上，对检测波长、流动相、流速、进样量、柱温、进样间隔、检测时间等色谱条件进行选择优化，确立了一套高效、精确、稳定的HPLC色谱方法：色谱柱Agilent Zorbax Extend C18（250mm×4.6mm，5μm），进样量10μL，流速0.5mL/min，温度25℃，检测时间40min，检测波长260nm；流动相采用甲醇（A）-水（B）系统梯度洗脱：0-10min,5%A；10-20min,20%A；20-35min，15%A；35-40min，5%A。与药典所采用的色谱方法相比，具有峰型匀称、分离效果好、稳定性好等优点。（2）在不同虫草核苷类成分比较分析实验中，利用上述HPLC分析方法对不同虫草的不同部分分别进行核苷成分测定，并进行比较分析。菌丝体中核苷类含量最高，在5500ug/g～14000ug/g之间；且其所含核苷种类最为广泛。子实体中所含核苷的种类及含量仅次于菌丝体，子座中核苷含量略小于子实体。菌核中核苷含量最低，且受虫草寄主的种属与生存环境的影响较大。虫草人工培养物（子实体与菌丝体）中核苷含量明显高于虫草复合体（子座与菌核）。在不同虫草的比较中，蛹虫草中核苷含量最高，达12379.23ug/g，且其含有大量的特征性核苷——虫草素，最高可达5038.33ug/g。球孢虫草菌丝体中核苷含量最高，达14267.81ug/g，这在虫草核苷生产应用中具有较大优势。冬虫夏草H与冬虫夏草中核苷的种类及含量仅次于蛹虫草，且两者基本相同，但冬虫夏草H的子实体中含有少量虫草素。高雄山虫草与虫花中核苷含量相近，但都较低。此外，尿苷、鸟苷和腺苷三种核苷成分在虫草的各部分中均有较高的含量，占虫草核苷含量的76%以上，且含量稳定，可用作虫草质量评价指标。（3）对几种虫草菌的子座、发酵菌丝体及子实体分别建立了指纹图谱，并采用中药色谱指纹图谱相似度评价系统进行匹配和相似度分析，分别匹配出6、11、10个共有峰。相似度分析结果表明，六种虫草的菌丝体相似性普遍较高均在0.9以上；子实体相似性次之（大于0.7）；而虫草子座相似度较低，仅大于0.5，这可能受其生存环境及寄生体的差异影响。同时，对指纹图谱中共有峰进行了定性分析，并结合第二章分析结果对共有成分进行定量限定：子座指纹图谱中第3、4、5号共有峰分别为尿苷、鸟苷和腺苷峰，其含量不低于0.045%、0.025%、0.010%；菌丝体指纹图谱中第5、6、9、10号共有峰分别为尿苷、鸟苷、胸苷和腺苷峰，其含量不低于0.200%、0.200%、0.001%、0.010%；子实体指纹图谱中第4、5、6、8号共有峰分别为胞苷、尿苷、鸟苷和腺苷峰，其含量不低于0.015%、0.070%、0.150%、0.080%。将指纹图谱和特征成分定量分析结合对虫草进行鉴定评价，更为精确可靠。（4）在不同虫草胞外多糖(EPS)制备与结构分析研究中，利用不同倍数的乙醇对虫草胞外多糖进行初步分级（EPSⅠ和EPSⅡ），并采用GPC、气相色谱、红外吸收光谱等方法对其进行结构分析。EPSⅠ分子量在21.8kD-40.546kD之间，大于EPSⅡ（10.374kD-17.799kD）。虫草胞外多糖的单糖组成基本相同，均由甘露糖、半乳糖及葡萄糖，但球孢虫草除外，其仅由甘露糖和半乳糖组成。此外，虫草多糖的主链均由吡喃甘露糖连接成。其糖苷键构型，球孢虫草的EPSⅠ为β型，蛹虫草的EPSⅠ中α-型与β-型均有检出，而其它虫草的EPSⅠ均为α-型；除冬虫夏草H的EPSⅡ构型可判断为α-型外，其它四种虫草的EPSⅡ构型均无法它们的红外光谱图上判断出来。综上，不同虫草的胞外多糖差异性主要表现在分子量和单糖组分含量比上，其构型差异较小。