坚持“以人为本，树立全面、协调、可持续的科学发展观，促进经济社会和人的全面发展”是党的十六届三中全会提出的目标。当前阶段，实现“病有所医”，为广大居民提供高质量的健康保障已经成为以保障和改善民生为主要任务的社会主义建设的重点。2003年开始实施的新型农村合作医疗经过十年发展取得了很大成就。在走过了试点、发现问题、改进调整的发展历程中，如今日益扩大了医疗保障的覆盖面，提高了医疗服务的质量，架构起了比较科学的医疗保障体系，在制度设计、组织构架和运行机制等方面逐步健全和完善。但是，新型农村合作医疗制度与现实需求还存在一定的差距，受城乡二元体制的影响，新型农村合作医疗制度的可持续发展及向高水平的迈进面临一系列的阻碍，这些阻碍因素的存在已经使得新型农村合作医疗制度裹足不前。究其原因，主要是由于新型农村合作医疗在体制设计上的缺陷所至。因此，如何打破原有体制束缚，建立城乡一体化的医疗保障体系，如何实现新型农村合作医疗制度的可持续发展将是本文的研究宗旨和目标所在。新农合基层经办机构的设置，是由新农合管理体制决定的。新农合经办机构作为新农合制度实施的载体，在新农合的持续发展中占有重要位置。本文认为管理体制的弊端是造成这些困境的原因，组织管理机构层级建设的科学性、职能定位、筹资机制和监督管理体制的科学化，都影响到新农合制度的运行。而这些影响因素归结起来都源于新农合基层经办机构的管理主体的归属问题。本文主要从新农合基层经办机构的管理主体归属视角来探索新农合管理体制的创新，从新型农村合作医疗基层经办机构的管理主体入手进行分析，研究基层经办机构管理方面存在的问题，分析问题成因，并探索创新解决之策。论文共分三部分，其中，第一部分是新型农村合作医疗基层经办机构的管理概述，第二部分是新型农村合作医疗基层经办机构的管理现状及存在的问题，第三部分是归属市社会保障局管理的构想。通过对新型农村合作医疗基层经办机构的管理组织构架重组，希冀建立城乡统筹的医疗保障制度。