线粒体DNA(mtDNA)具有突变率高、非重组、母系遗传等特点,已广泛应用于动物遗传多样性和起源进化研究。中国黄牛品种十分丰富,具有明显不同于国外牛品种的地理谱系结构和种质特征。与中国黄牛丰富的遗传资源相比,以前的研究不足以表征所有中国黄牛的遗传多样性和母系起源情况。因此,本研究采集了14个中国地方黄牛品种/群体(蒙古牛、岭南牛、大别山牛、夷陵牛、黄陂牛、三江牛、湘西牛、广丰牛、吉安牛、锦江牛、威宁牛、滇中牛、文山牛和西藏牛)共计459个样本,采用PCR扩增、测序和生物信息学的方法,对其进行遗传多样性与起源进化分析;同时,从GenBank数据库下载646条中国黄牛mtDNA D-loop序列,综合分析中国黄牛57个品种/群体共计1105头牛的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源,以期为中国黄牛的遗传资源保护与利用提供科学依据。本研究得到以下主要结果:(1)中国黄牛mtDNA遗传多样性非常丰富,为普通牛和瘤牛起源,西藏牛主要为普通牛起源,伴有牦牛基因渗入。(2)牛的T1a支系主要集中分布在亚洲的东北地区(中国东北、韩国和日本);I2支系只分布在中国西南地区(云贵高原和西藏)和新疆地区。(3)在蒙古牛中发现了5种普通牛的单倍型组(T1a、T2、T3、T4和T5)和2种瘤牛的单倍型组(I1和I2)。本研究综合分析了中国黄牛mtDNA的遗传多样性,对全面了解中国黄牛品种/群体的遗传多样性、遗传结构和母系起源提供了理论依据。