渔业纠纷问题一直是国家与国家之间海洋权益争端的重要表现形式。中国与菲律宾在南海断续线内海域一直存在海洋权益的争议。中国与菲律宾之间的渔业纠纷一直是两国关系友好发展过程中的阻碍。过去半个多世纪,中国渔船及渔民被菲律宾扣押的事件屡有发生。被扣渔民的合法权益遭到菲律宾的不法侵害。中国被扣渔民已经成为中菲海洋权益争议的直接受害者。因此,解决好两国之间的渔业纠纷显得尤为重要。本文分析了近三十年来中国渔船及渔民被菲律宾扣押的案件,指出了中菲渔业纠纷存在法律问题。首先,中国在菲律宾群岛水域内的传统捕鱼权的问题值得进一步研究。中国台湾渔民从20世纪初开始就已经大量前往现在的菲律宾群岛水域进行渔业活动。根据《联合国海洋法公约》的规定,中国在菲律宾群岛水域内存在一定的传统捕鱼权。其次,菲律宾扣押中国渔民的法律依据存在瑕疵。在菲律宾的法律体系中,宪法、渔业法等法律法规规定了外国主体在菲律宾水域内的渔业活动的相关事项。但是,这些法律规定的适用范围存在问题以及菲律宾没有严格适用这些规定。再次,菲律宾在渔业执法过程中所使用的渔业执法手段不合理。菲律宾在渔业执法过程中存在过度使用武力的情形。最后,在扣押期间,渔民的合法权益没有得到保障。针对中菲渔业纠纷中存在的这些法律问题,本文从国家层面、社会层面以及渔民层面出发,提出相应的措施,来保障渔民的合法权益。在国家层面上,国家应当对被扣渔民提供领事保护,与菲律宾开展渔业执法合作以及传统捕鱼权的谈判。在社会层面上,社会应当大力支持保护渔民权益的非政府组织。在渔民层面上,渔民应当加强自身的防风险能力。