本研究对医药制造业行业所面临的发展困境进行了阐述,结合近年来我国对医药制造业的重视及医药制造行业的高技术特征与该行业的迅猛发展,提出对医药制造业技术创新效率进行研究的命题。对企业技术创新效率的测定与比较分析,对于改善企业技术创新管理、进一步提高企业技术创新效率具有重要意义。这对于强化企业在创新中的主体地位,建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的创新体系,提升企业的技术创新能力,促进经济增长方式的转变和提升行业竞争力有着不可忽略的力量。通过大量阅读文献资料,本研究基于随机前沿分析方法(SFA),选取了我国医药制造业50家上市公司作为研究对象,依据其R&D人员和资金的投入及营业收入等指标对其技术创新效率进行了测算,经过分析得出如下结论：(1)我国医药制造业上市公司技术创新效率值相对较低,但近年效率值在不断提高,并且企业间的差距也呈现下降趋势；(2)技术创新效率的高低与企业规模并没有存在明显的相关性；(3)技术创新R&D人员和费用的投入对不同规模企业的技术创新产出弹性是不同的。大规模企业中R&D费用的技术创新产出弹性大于R&D人员产出弹性,在中小规模企业中则相反。针对我国医药制造业存在的种种问题,本研究从政府层面、企业层面、企业意识层面提出了几点改善技术创新效率的对策。在本研究的基础上,针对不同规模企业提升医药制造技术创新效率提出了一些建议,进而提升医药制造业企业的技术创新水平,促进该行业技术创新良性循环,保障国民经济高速、稳定、健康发展。