靶向捕获测序检测Ⅰ型神经纤维瘤基因突变分析

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背景Ⅰ型神经纤维瘤(Neurofibromatosis 1,NF1)是临床上常见的常染色体显性遗传病,发病率在1/2500至1/3000之间。患者常见的临床表型为皮肤咖啡斑、腋窝或腹股沟等褶皱部位雀斑样色素沉着、皮肤神经纤维瘤以及虹膜Lisch结节等。该病主要是由于NF1基因突变异常导致的多系统损害。目前为止,已经报道了约2700多种NF1基因的突变,包括错义突变、无义突变、插入或缺失突变以及剪切位点突变等,大部分突变都是导致截短的神经纤维瘤蛋白。近年来,针对基因检测方法,下一代测序(Next-generation Sequencing,NGS)的发展为检测相关基因的突变提供了更为便捷高效的手段,其中,Panel靶向捕获测序是针对所研究疾病相关基因进行外显子靶向捕获和大规模平行测序来筛选出致病基因。目的应用靶向捕获测序联合一代Sanger测序检测以咖啡斑为主要临床表现的一个家系和两个散发病例的相关皮肤病基因,帮助临床诊断,探讨其发病机制。并通过生物信息学查询,进一步了解Ⅰ型神经纤维瘤的发病机制,为日后临床研究新的疾病治疗方法提供一定的理论依据,也为患者的遗传咨询、产前诊断等打下基础。方法1.收集患者的临床资料,抽取患者及亲属的外周血。2.提取外周血DNA,经纯化后利用Roche公司的Kapa Illumina HTP建库试剂盒、Seq Cap文库接头试剂盒、Seq Cap EZ杂交增强试剂盒以及涵盖569个与遗传性皮肤病密切相关的基因靶向探针试剂盒进行建库捕获,通过Illumina Hiseq X Ten测序平台进行测序,并通过数据分析、变异注释后得到突变位点。3.针对靶向捕获测序得到的突变位点进行特异性引物设计,应用一代Sanger测序对突变位点进行验证,并用Chromas 2.6软件以及相关生物学软件分析测序结果。结果1.临床表现上,患者均以咖啡斑为主,未有其他临床表现,皮肤镜和皮肤CT检查显示皮损部位色素沉着。2.测序结果显示,家系1中,在37号外显子上第5072位碱基和5073位碱基之间插入了35个碱基(TATAACTGTAACTCCTGGGTCAGGGAGTACACCAA)的序列,导致基因移码突变,并在其父亲身上也检测出同样的突变位点。散发病例1为exon30:c.4110+1G>T,在30号外显子发现一个剪切位点的突变,使用Ensembl数据库对基因外显子碱基进行比对,发现该突变位点位于30号和31号外显子之间的内含子的第一位碱基上,采用Human Splicing Finder对外显子剪切位点进行预测,显示突变为位点位于剪切位点受体处,突变可能破坏原有剪切受体。散发病例2为exon28:c.C3826T,28号外显子编码区第3826位碱基由C突变为T,该突变为无义突变,会导致肽链延伸至第1276位氨基酸位置时提前终止。结论靶向捕获测序结合一代测序可准确、快速、经济的检测出已知致病基因的突变位点。通过对1个家系和两个散发病例的基因检测,使已有临床表型的患者明确了临床诊断,发现了新的基因突变位点,丰富了Ⅰ型神经纤维瘤的致病基因突变谱。对Ⅰ型神经纤维瘤的发病机制进行研究总结,也为临床疾病治疗、疾病咨询以及产前诊断提供了一定的基础。
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