在表层土壤、森林分解中的枯枝落叶、秸秆还田后的土壤等样品中,蕴含着大量的细菌、真菌、原生动物等微生物,其中真菌发挥着重要的作用,它们主要参与着土壤中有机质的降解,调节土壤的养分循环等,然而,现有的宏基因组分析流程基本以人体为模型建立,忽略了真菌这一重要的在地球化学物质循环过程中发挥重要作用的真核微生物信息。因此,目前对枯枝落叶、凋落物分解等样品的宏基因组测序数据的分析缺少一套可靠的方法。本研究通过对现有多种生物信息学分析软件评估及二次开发,成功建立了一套同时分析宏基因组中的原核微生物和真核微生物信息以及编码基因组成的分析流程,并初步应用该分析体系探究酸雨成分对凋落物分解样品微生物组成的影响,主要结果如下:1.综合分析对比,软件Kraken v2解析微生物物种组成的结果最好、更全面,并且绝大多数序列可以解析到种一级水平,最适用于从复杂的宏基因组数据中挖掘获得微生物的物种组成信息。2.基于Meta Gene Mark和Meta Euk软件,成功的建立了从宏基因组中同时预测原核生物编码基因和真核生物编码基因的新方法。新方法不但可以很好的预测出真核生物的基因,还可以更好、更完全的预测出原核生物基因和病毒基因,很好的解决了从宏基因组中同时预测出原核生物和真核生物编码基因的难题。3.原核生物基因不含有内含子,真核生物基因由于大部分含有内含子,难以同时进行基因定量分析。本研究利用BLAT软件结果并自编程序,建立了利用Salmon同时完成对原核和真核基因的定量方法。4.建立了一整套同时从宏基因组中分析原核和真核生物多样性信息和解析基因功能的分析流程。5.利用LEf Se确定关键微生物组成差异的分析结果与DESeq2获取差异基因以及富集分析结果基本一致。6.酸雨酸度会影响样品中的微生物组成及代谢,低酸度处理有利于部分真核生物,尤其是子囊菌门的生长,过酸性的环境会降低样品中真核生物的丰度。