因过度施用化肥导致的土壤质量退化和环境问题已引起多方高度重视。化肥减施增效技术的研究与推广是我国绿色农业发展的重要举措。利用沼液和秸秆替代化肥是有利于农业可持续发展的重要生态学方法。本研究在常州市武进区进行定点实验,在稻麦轮作系统中利用沼液和秸秆替代化肥,并依据替代量设置10个处理。测定并分析不同施肥处理下稻麦的产量构成、土壤肥力和土壤酶活性,探讨沼液灌溉和秸秆还田对稻麦产量和土壤质量的影响;同时,利用高通量测序技术（High-throughput sequencing）对不同施肥处理对土壤微生物群落结构与多样性的影响进行评估。主要研究结果如下:1.秸秆和沼液完全替代或部分替代化肥,水稻和小麦的产量都显著提高,尤其是秸秆和沼液替代30%化肥氮的处理（S+BSF3）,与常量施用化肥处理（CF）相比能够达到稳产。稻麦两季,所有施肥处理均能够提升土壤养分,秸秆与沼液配施替代化肥的处理能够与单施化肥处理达成同等土壤肥力,而无秸秆还田的处理,土壤肥力相对于单施化肥处理显著降低。2.单施化肥降低了土壤酶活性,添加秸秆还田提高了氨基葡萄糖苷酶（NAG）、亮氨酸氨基肽酶（LAP）、磷酸酶（PHOS）和过氧化物酶（PEOX）酶活性,增强了土壤养分转化与作物对逆境的抵抗能力。不同处理中,秸秆和沼液替代30%化肥氮处理（S+BSF3）对土壤酶活的提高效果最好。3.变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）是稻麦收获期土壤的优势细菌菌门。秸秆和沼液替代30%化肥氮处理（S+BSF3）是提高水稻季土壤微生物多样性的最佳处理,所有的施肥处理都能够显著提高小麦季土壤的微生物多样性,其中沼液替代50%化肥氮处理提升效果最为显著。综上所述,秸秆还田和沼液灌溉可以提高稻麦轮作生产中土壤的肥力,改善微生物多样性,有利于提高作物产量,其中秸秆和沼液替代30%化肥氮是最佳配比。