在农村城镇化、土地市场化、集体资产股份化等农村市场化改革背景下,农民集体成员需要对涉及征地补偿费用分配、集体收益分配、土地承包经营权调整、集体成员股东资格确认等问题作出民主决策,由于制度的不健全,实践中因此引发多种纠纷。2013年中央委员会审议通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》提出健全农村议事机制,发展基层民主制度。但是作为一个权利主体概念,农民集体内部自治机制和自治保障机制的不完善,成为农民集体和集体成员参与市场竞争的一大障碍。同时,《决定》“赋予农民对承包地占有、使用、收益、流转及承包经营权抵押、担保权能,允许农民以承包经营权入股发展农业产业化经营”,但是对涉及集体成员利益的重大事项的集体决策,由于欠缺程序规制和司法保障,严重损害了集体成员的参与管理权和受益权,不利于集体自治的有效运行。因此,有必要重视农民集体内部治理制度建设,理解集体意思形成的法律性质、运行机理、法律效力及存在的问题,为集体成员提供司法救济并有效保障集体自治的有效运行。本文主要是采取规范分析和案例分析相结合的方法,具体了解农民集体决议效力制度在效力规则和实践运行中的法律问题,并通过对集体决议有效要件的分析,为完善农民集体决议效力制度提出自己的建议。农民集体决议是农民集体成员按照法律和章程的规定采取民主多数决对集体事务形成的集体意思,是一种以民主基础和正当程序为效力来源的特殊法律行为。但是通过梳理农民集体决议效力立法和整理农民集体决议的司法案例,我们可以发现目前我国农民集体决议制度存在集体决议效力规则不完善、忽视决议程序和集体自治章程在集体决议中的重要性以及集体决议效力范围不清等法律问题。然而,有效的农民集体决议应当满足主体、内容和程序三要件要求,按照集体决议之效力规则,三要件发生错误会导致不成立、无效和可撤销的三种集体决议效力瑕疵形态。因此,针对发现的问题,立法规则上可以从规范决议程序、完善效力规则和界定效力范围三个方面进行完善,尤其是要规定决议程序和自治章程对集体决议效力的影响,为司法审查提供法律依据;司法实践中应以集体自治原则和成员权利平等原则作为集体决议审查的基本原则,同时从集体决议效力安定的角度允许农民集体以民主议定或成员追认的方式补救决议效力,从利益衡量的角度允许法院对轻微程序瑕疵导致集体决议可撤销的纠纷进行裁量驳回。