当前我国农业迎来了“以工促农”、“以城带乡”至“城乡统筹”的加速转型时期,农业发展的驱动力由依靠政策创新、劳动力增加逐步转变为依靠科技创新、依赖农业科技资源的优化配置。农业科技资源配置成为推动我国农业结构调整,提升农业竞争力,实现农业发展方式转变和可持续发展的重要因素。针对我国农业科技资源存量既定、增量有限且存在闲置浪费的现实情况,通过资源优化配置提高其利用率来增加科技对社会经济发展的贡献率,应是农业科技资源优化配置的根本目标。如何统筹农业科技资源,提高农业科技资源配置与利用效率是当前迫切需要解决的问题。本文以农业科技支撑农业经济发展为指导思想,以测度农业科技资源配置效率为主线,通过借鉴系统科学、西方经济学、产权经济学等相关理论,实证检验了农业科技资源与农业经济增长之间的内在关系,测算了我国农业科研机构和农业高等院校的科技资源配置效率,估算了八个农业生态区域农业科技资源配置效率的高低,并对其影响因素进行了剖析。最后,在结合本文研究成果和借鉴发达国家农业科技资源配置经验分析的基础上,提出了提升我国农业科技资源配置效率的对策建议。论文通过分析得出以下结论：(1)系统论、产权论和复杂适应系统理论是农业科技资源配置效率分析的重要理论工具。农业科技资源配置是一个复杂适应系统,具有农业科技资源配置系统自身的复杂性和优化配置过程的复杂性,因此应该用系统论的观点来分析农业科技资源配置问题,构建农业科技资源共享的支撑体系和共享平台。同时,中国农业面临最严重的挑战之一是如何公平和有效地分配产权,因此,对农业科技资源产权进行合理的界定、分解和优化也尤为必要。(2)基于时间序列数据运用现代计量方法对农业科技资源与农业经济发展的关系进行实证分析的结果表明,农业经济增长序列与农业科技资源序列之间存在长期均衡关系,但在短期会偏离长期均衡。当偏离均衡时,长期对短期偏离均衡的调整力度为59.8%。存在从农业研究与开发机构科技活动经费支出、农业技术人员到农业经济发展的单向格兰杰因果关系,而反向关系得不到实证支持。但农业机械总动力与农业经济发展之间存在显著的双向格兰杰因果关系。(3)我国农业科研机构科技资源配置效率相对低下,但分省份、分行业、分区域、分隶属及农业部所属的农业科研机构的科技资源配置效率差异明显。首先,构建了农业科研机构科技资源配置效率的评价指标体系,运用DEA中的CCR模型测算了2009年我国各省农业科研机构科技资源配置的效率：我国农业科研机构科技资源配置效率相对低下,DEA非有效的地区占60%以上；规模非效率是影响综合效率的主要方面。同时,利用1996-2009年的面板数据运用Malmquist指数对农业科研机构的全要素生产率指数及其分解进行测算,得出以下结论：从全国整体来看,农业科研机构全要素生产率呈增长趋势,年均以0.8%的速度递增。其中,技术效率提升是支撑各地区科研机构全要素生产率进步的主要力量,而技术进步的贡献率相对较小,技术效率和技术进步的平均增幅分别为0.5%和0.3%；分行业的全要素生产率总体呈现上升趋势,平均增幅为5.3%,技术进步率的提升是大多行业全要素生产率增长的主要原因,而技术效率的作用相对较小；分隶属单位科研机构的全要素生产率变化不大；分区域的全要素生产率平均提升的幅度为1.4%,其中技术效率起主导作用,而技术进步率的贡献微弱；依据M值来看,大多科研机构的运行效率处于徘徊型或低增长型。(4)不同类型院校的科技资源配置效率差别较大,但农林高校的科技资源配置效率处于逐渐上升状态。在考察的1995-2008年的14年间,我国高等院校科技运行效率整体呈下降趋势,即全要素生产率平均下降了1.8个百分点,导致全要素生产率下降的主要原因是技术进步率的下降。1993-2008年间,农林高校全要素生产率平均下降了1.7个百分点,导致全要素生产率下降的主要原因是技术进步率的大幅度降低,而在此期间,技术效率平均提高了0.6个百分点,说明农林高校科技资源配置效率有所改善。中国农业大学和南京农业大学等全国重点农业大学拥有雄厚的科技实力和高效的科技运行状态。农林高校的规模效率值比较高,反映了农林院校的规模更加适度。(5)中国农业科技资源配置的效率存在不同程度的损失,平均值只有0.61。在超越对数型生产函数的基础上,运用随机前沿分析模型对1996-2008年中国农业科技资源配置的效率变化进行测算,结果表明中国农业科技资源配置的效率存在不同程度的损失。华南、华中、东南地区的效率值要高于东北、华北、西南、西北地区。“农村生产力发展的水平”、“农村科技对经济发展影响程度”对农业科技资源配置的效率有显著的正向影响,“农村文化教育发展状况”及“农民生活信息化程度”对农业科技资源配置的效率有显著的负向影响。本论文的可能创新之处就在于：(1)构建了一个分析农业科技资源配置效率问题的框架。以往的研究大多是针对农业科技资源分布的现状和存在问题进行研究,而本文首先从系统论、产权论及复杂适应系统理论等视角对农业科技资源配置进行了理论上的阐释。其次,着眼于农业生态区划的视角对我国八大区域的农业科技资源配置的效率进行测算与分析,避免了传统的东部、中部、西部分析的缺陷。同时,分别就农业科技资源配置主体的农业科研机构、农业高等院校的科技资源配置效率的静态与动态状况进行了测算,使得农业科技资源配置的效率分析更加全面。(2)扩展了实证方法的应用范围。在对农业科技资源配置状况进行全面分析的基础上,将现代经济计量学方法应用于分析农业科技资源与农业经济发展的关系；运用数据包络分析方法(DEA)、随机前沿分析方法(SFA)对我国农业科研机构、农业高等院校及不同农业生态区的科技资源配置效率进行了非参数和参数测度,弥补了在农业科技资源效率研究中大多限于定性分析方面研究的不足,一定程度上提高了研究结果的可信度。(3)取得了一系列有价值的研究结论。论文实证研究中所采用的数据是相对完整的时间序列数据和面板数据,这些数据资料在全面反映我国农业科研机构、农业高等院校科技运行能力的同时,用以测度农业科技资源配置效率的动态变化,大大增强了研究结论的信度。通过理论和实证的系统分析得出了“农业科技资源配置是一个复杂适应系统；农业科技资源与农业经济发展之间存在长期均衡关系；农业科研机构科技资源配置效率相对低下；高等院校的科技资源配置效率在1995-2008年间整体存在下降趋势,各个类型院校之间差别较大,其中农林高校的科技资源配置效率处于逐渐上升状态；中国农业科技资源配置的效率存在不同程度的损失”的系列结论,根据分析结果,提出了多项有价值的政策建议,这对提升我国农业科技资源配置效率具有重要的理论和实践指导价值。