随着全球经济一体化的发展,区域经济也随之快速发展,区域之间的联系和影响日益密切,各种跨区域事务日益增多,如何协调地方政府之间的关系,促进地方政府间协调合作、共同发展,成为区域经济一体化进程中迫切需要解决的问题。在此背景下,行政协议开始在实践中受到重视,并在区域合作的实践中得到广泛应用。然而,在大陆,学者们对行政协议的理论研究还处在初级阶段,具体的制度设计也存在诸多缺陷,这就限制了行政协议在实践中的进一步应用。因此,对行政协议进行系统的研究就显得尤为必要。本文用三部分内容对此问题进行分析和论证。首先,文章从区域合作行政协议概述入手,认为区域合作行政协议是指不具有隶属关系的两个或者两个以上行政机关之间基于区域合作的需要,为实现特定的行政目的,运用行政权力在协商一致的基础上达成合意的双方行政行为。区域合作行政协议分为总体和专项的区域合作行政协议,总体区域合作行政协议和专项的区域合作行政协议都属于外部行政行为,能够对行政相对人产生实质影响,属于抽象行政行为。然后,本文对我国及国外区域合作行政协议制度现状进行分析,我国区域合作行政协议的缔结主体主要是省级、地级市政府及其职能部门,签订的内容涉及领域广泛,缔结程序以行政首长联席会议制度为主要合作机制,指出实践中区域合作行政协议存在缔结主体不适格、程序缺少公众参与、必备条款严重缺失、效力不确定、缺少履行性规则的约束、没有有效的纠纷解决机制等问题。最后,文章从法律视角,对完善我国区域合作行政协议进行了思考,从原则与主体、程序与内容、效力与方式、法律救济等问题展开分析,认为,应坚持自愿、平等、协商合作、互利共赢四项原则；缔结主体应包括地方各级人民政府、地方人民政府的职能部门和其他组织；缔结程序应当强调公众的参与,并依据行政协议涉及领域的不同适用备案制度；协议内容应当注重明确具体,保证条款的完备性；缔约主体发生纠纷可以通过自力解决、行政解决和司法解决的方式解决纠纷。