水稻是重要的粮食作物。稻瘟病是水稻生产中最主要的病害之一,而抗病育种是降低稻瘟病危害最经济有效的措施。本研究以携带稻瘟病广谱持久抗性基因Pi9的籼稻品系75-1-127作为供体亲本,先后用籼型三系保持系丰源B及其不育系丰源A为受体亲本,利用Pi9基因序列信息设计筛选功能标记,开展分子标记辅助选择（Molecular Marker-assisted Selection,MAS）连续回交育种实践,旨在定向改良丰源A及其保持系丰源B的稻瘟病抗性,为三系杂交水稻育种应用培育抗稻瘟病新不育系/保持系。获得了如下主要研究结果:1.利用来自国内外不同稻区的33份稻瘟菌菌株进行室内人工接种,分析丰源A、丰源B、75-1-127的抗菌谱,结果表明,75-1-127的抗性频率为87.9%;而丰源A和丰源B的抗性频率均仅为33.3%;同时发现供体亲本和受体亲本间存在交叉抗菌谱。连续3年的田间自然病圃稻瘟病苗瘟抗性鉴定结果表明,75-1-127高抗苗瘟,抗性级别均为0级;而丰源A和丰源B高感苗瘟,抗性级别均为4～5级。这些结果说明含有Pi9基因的75-1-127抗谱广、抗性水平高,在稻瘟病抗性育种中具有很大的应用前景;而丰源A和丰源B抗谱窄、抗性水平低,需要改良。2.根据Pi9基因序列信息开发了6个基于PCR技术的DNA标记,从中筛选出一个多态性明显且稳定的共显性标记CLONDF1R1,该标记引物从75-1-127基因组中扩增出一条320bp的明亮条带,而对丰源A和丰源B基因组的扩增产物大小均为450bp左右,且PCR产物可以通过琼脂糖凝胶电泳快速检测分析。3.利用CLONDF1R1先后开展丰源B、丰源A稻瘟病抗性改良的MAS育种实践,获得了13个含Pi9纯合等位基因的改良抗病保持系丰源B-Pi9,以及11个含Pi9纯合等位基因的改良抗病不育系丰源A-Pi9。4.通过对部分改良抗病不育系的不育特性和异交习性调查,以及抗病不育系及其保持系的主要农艺和产量性状分析,遴选出1个高抗稻瘟病、不育株率和不育度以及花粉败育率均为100%、柱头外露率达65.6%、农艺和产量性状优良的新不育系丰源A-Pi9-5,及其对应保持系丰源B-Pi9-5,实现了丰源A和丰源B稻瘟病抗性的定向改良,为三系杂交水稻育种应用创制了新的亲本材料。