始于20世纪90年代初的高校合并浪潮被称作是“建国以来第二次大规模的院系调整”，这次“自上而下”的改革史无前例、影响深远。目前，大部分院校已基本上实现了行政上的合并，但距离深层次融合即校园文化的融合还有很长的一段距离。应该认识到，没有深厚文化底蕴支撑的大学难以发展成为真正高水平的大学，而大学的文化底蕴必须经由长时间的交融与积淀而成。正因为如此，在合并高校的发展过程中，校园文化的整合才更彰显其重要性，可以说校园文化的整合是高校能否实现实质性合并的关键所在。本文立足于90年代以来在高教管理体制改革的有关方针指引下我国部分高校进行重组合并的现实，以分析高校合并后出现的校园文化的冲突为切入点，就高校合并后校园文化整合的问题进行了较为深入的探讨。从校园文化的内涵、合并后多校区高校校园文化的特征、整合过程中文化冲突的类型以及冲突的原因、造成的后果等问题着手，论述合并后校园文化的整合的理论及现实意义，是本文立论的前提。实事求是地对个案南通大学进行实地参与性研究，深入了解它们合并后在校园文化整合、建设方面的举措及其存在的问题与不足，是本文研究的基础。在掌握第一手材料的基础上，经过深入分析与探讨，认为学校定位、培养目标的差异、师生员工的情感、利益的分配等都是导致合并后高校文化冲突产生的原因。从实践到理论，再从理论到实践；探讨高校合并后校园文化整合的对策是本文研究的目的。本文力求在分析现实的基础上，一方面从理论上构建一套合并后高校文化整合与建设的新模式，从而为更深层次的高校体制改革措施的出台提供政策方面的参考；另一方面为南通大学等同类合并高校探索出一套切实可行的校园文化整合的措施。