西部战区总医院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌分子流行病学分析

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目的:分析西部战区总医院2015年1月~2018年12月碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的分子流行病学特征及同源性分布情况。方法:1、筛选2015年1月~2018年12月西部战区总医院各临床标本分离出的CRE菌株,活化筛选的细菌,采用VITEK2-Compact微生物分析仪进行体外药敏实验。2、设计合成碳青霉烯酶、超广谱β-内酰胺酶(Extended spectrumβ-lactamases,ESBLs)、头孢菌素酶(Amp C酶)、外膜蛋白(Outer membrane porins,OMPs)的引物,采用聚合酶链反应(PCR)法扩增,并对扩增产物进行测序比对。3、采用肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)对细菌进行同源性分析。4、查阅患者病例,分析CRE感染与定植患者的临床特征。结果:1、收集到临床分离的非重复CRE菌株121株,其中肺炎克雷伯菌56株(46.3%),大肠埃希菌26株(21.5%),阴沟肠杆菌23株(19.0%),产酸克雷伯菌5株(4.1%),弗氏柠檬酸杆菌4株(3.3%),粘质沙雷菌4株(3.3%),产气克雷伯菌3株(2.5%)。2、121株CRE共分布在33个病区,主要来源于干部ICU(15.7%)、普外科(14.8%)、神经外科(13.2%)及干部病房(9.1%)。3、标本分布以痰液(46.3%)为主,其次分别为尿液(15.9%)、血液(11.6%)、引流液(10.7%)、胆汁(6.6%)及伤口分泌物(5.0%)。4、药敏结果分析显示,121株CRE整体对青霉素及头孢菌素类抗生素耐药率高,对阿米卡星耐药率最低,为42.1%。不同菌属的CRE对抗生素的耐药率各不相同,其中耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)对各抗生素的耐药率最高。5、厄他培南MIC≥8ug/ml的细菌中,耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌显著多于大肠埃希菌(P<0.001)和阴沟肠杆菌(P=0.002);亚胺培南MIC≥16ug/ml的细菌中,耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌显著多于大肠埃希菌(P<0.001)和阴沟肠杆菌(P<0.001)。6、耐药基因检测结果分析显示,121株CRE中碳青霉烯酶阳性96株,其中65株产blaKPC-2,25株产blaNDM-1,7株产blaOXA-48,2株产blaVIM,2株同时产blaKPC-2和blaNDM-1,1株同时产blaKPC-2和blaVIM,未检测到blaIMP、blaGES基因。blaSHV、blaTEM、blaDHA、blaCIT的基因检出率分别为46.3%、47.1%、37.2%、26.4%。OMPF、OMPC缺失/突变率分别为48.1%、84.6%,OMPK35、OMPK36缺失/突变率分别为35.7%、91.1%。56.2%的CRE不仅产碳青霉烯酶,还同时合并膜孔蛋白改变。7、ERIC-PCR结果显示56株碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌有5种基因型,26株碳青霉烯类耐药大肠埃希菌有3种基因型,23株碳青霉烯类耐药阴沟肠杆菌有3种基因型。8、CRE感染或定植患者大多有ICU入住史、机械通气>3d及合并多种严重基础疾病的特点,常见的基础疾病包括肿瘤、慢性肺疾病、糖尿病及充血性心衰。根据医院内感染诊断标准,CRE感染患者有73例,CRE感染患者的28d总病死率为32.9%,CRE血流感染的28d病死率为35.7%。结论:1、2015~2018年我院分离的CRE菌株主要为CRKP,且2018年的检出率最高。2、我院CRE共分布在33个病区,主要来源于外科、干部病房及重症医学科。3、CRE检出的标本主要为痰液,其次分别为尿液、血液、引流液、胆汁及伤口分泌物。4、121株CRE菌株多重耐药性明显,部分菌株呈泛耐药或全耐药。不同菌属的CRE对抗生素的耐药率各不相同,CRKP对各种抗生素的耐药率最高。5、厄他培南MIC≥8ug/ml的细菌中,耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌显著多于大肠埃希菌和阴沟肠杆菌;亚胺培南MIC≥16ug/ml的细菌中,耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌显著多于大肠埃希菌和阴沟肠杆菌。6、CRE常并存多种耐药机制及携带多种耐药基因,产碳青霉烯酶是最常见的耐药机制,本研究中CRKP携带的碳青霉烯酶基因主要为blaKPC-2,而耐碳青霉烯的大肠埃希菌和阴沟肠杆菌主要携带blaNDM-1。膜孔蛋白缺失或突变合并高产ESBLs、Amp C酶也是CRE的常见耐药机制之一。7、从ERIC-PCR结果得出,部分CRE菌株同源性非常高,提示CRE在我院存在明显克隆传播现象。8、CRE感染或定植患者大多有ICU入住史、机械通气>3d及合并多种严重基础疾病的特点。CRE感染患者的28d总病死率为32.9%,CRE血流感染的28d病死率为35.7%。
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