深色有隔内生真菌（Dark septate endophytes,DSE）是一类可定殖于植物根部并可形成深色有隔菌丝及微菌核的植物内生真菌,具有促进植物生长、提高植物抗逆性等生物学功能。DSE侵染植物后,与植物发生复杂的相互作用,引起植物miRNA表达的变化,但其作用机制尚不明确。越橘属（Vaccinium）植物常生活在酸性土壤中,易受到重金属的污染,如镉污染。此外,越橘对氮肥的利用效率较低,对不同氮素形式的氮吸收及利用效率也不同。基于此,本研究筛选耐镉深色有隔内生真菌Phialocephala fortinii后,将优势菌株接种到越橘中,并对DSE-越橘共生体外源添加镉及氮源,研究镉及氮源对DSE-越橘共生体的影响。此外,也通过高通量测序技术分析DSE侵染后树莓（Rubus corchorifolius）根miRNA表达的变化。研究结果如下:（1）对P.fortinii菌株F5、t7、76、107进行耐镉筛选,发现菌株F5、t7可通过改变体内的抗氧化酶活性、抗氧化物含量及分泌铁载体的活性来抵御浓度为30～140 mg/L的镉胁迫。利用高效液相色谱技术,分析菌株F5在镉浓度为50 mg/L发酵液的有机酸种类,发现其含有乳酸、柠檬酸、果酸、丁二酸等6种有机酸,而对照组未检测到此6种有机酸。推测镉胁迫下,P.fortinii产生有机酸,有机酸阻碍了土壤中重金属向植物组织中的转移。选取菌株F5作为实验菌株,接种越橘,并在接种2周后施加镉胁迫。结果表明,随环境中镉浓度的升高,越橘体内的抗氧化酶活性及抗氧化物含量均提高,且菌株F5在越橘根部的定殖量也会逐渐提高。推测在胁迫环境中,植物通过提高P.fortinii定殖量来提高其对环境的抗性。（2）研究了不同氮源对DSE菌株生长的影响,发现菌株F5、t7和76适合在有机氮源中生长,而菌株107适合在无机氮源中生长。对P.fortinii F5-越橘施加不同氮素水平的营养液。施氮处理9周时,发现25 mg/株的施氮水平能够提高越橘幼苗的叶绿素含量、硝酸还原酶活性及抗氧化物质的活性及含量,促进P.fortinii F5在越橘根部的定殖。此外,也对P.fortinii F5-越橘施加不同氮素形式的氮源。与施氮铵硝比1:1相比,在铵硝比为2:1和5:1时,越橘根部谷氨酰胺合成酶基因（GS1和GS2）、铵转运蛋白基因（AMT2）及硝酸转运蛋白基因（NRT2）的表达量显著上调。推测高铵硝比时,越橘通过上调GS2、AMT2、NRT2的表达来促进铵的同化、转运及硝酸盐的吸收。在铵硝比为5:1时,P.fortinii F5在越橘根部的定殖量最高。（3）以树莓为实验材料,对接种P.fortinii F5树莓幼苗进行生长活力的测定。与对照组相比,接种真菌处理组树莓幼苗鲜重高43%,株高高56%,根长及根活力是对照的1.5倍。取对照组及接种P.fortinii F5 3周、5周后的树莓根,进行高通量测序,对其miRNA进行了鉴定。共鉴定出361个已知miRNA。靶基因预测结果显示:共获得38个差异表达miRNA靶向的561个靶基因;KEGG功能富集结果表明,靶基因富集度最高的途径为次生代谢物生物合成、植物-病原菌互作等途径。推测接种P.fortinii F5后,植物产生了防御反应,合成了一些次生代谢产物,树莓以此来调控DSE的定殖,防止其过度增殖而消耗大量养分。利用荧光定量PCR技术对不同miRNA在接种3周、5周的树莓根中的表达量进行检测,发现mi R894-x、mi R156-y、mi R951-z、mi R6300-z、mi R408-y在F5-树莓共生过程中的表达量差异显著。