埃博拉病毒糖蛋白进化分析及功能研究

来源 :中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhangwenda_gz
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埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)属于丝状病毒科、埃博拉病毒属,是丝状、有囊膜、单股负链RNA病毒,其主要感染人类和非人类灵长目动物,可引起严重的出血热,致死率最高可达90%。2013年12月,埃博拉病毒病(Ebola virus disease,EVD)在几内亚东南部的林区再次出现,随后,波及至塞拉利昂、利比里亚、尼日利亚、塞内加尔和马里等国。截止到2016年3月27日,世界卫生组织(World Health Organization,WHO)报告统计,此次EVD疫情已导致28646人感染,11323人死亡,其感染和死亡人数已经大大超过了以前EVD疫情的总和。  EBOV基因组长约19kb,共编码7个蛋白,分别是:核蛋白(Nucleoprotein,NP)、病毒基质蛋白35、40、30和24(Viral matrix proteins35、40、30and24,VP35、VP40、VP30and VP24)、RNA依赖RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,L)和糖蛋白(Glycoprotein,GP)。VP40是EBOV含量最丰富的基质蛋白,定位于病毒囊膜下,以保证病毒粒子结构的完整性,驱动病毒粒子的形成,在病毒组装和出芽过程中起决定性的作用。EBOV GP基因编码两个阅读框,分别表达分泌性糖蛋白(Secreted GP,sGP)和GP。其中,GP是EBOV唯一的囊膜蛋白,也是病毒最重要的免疫原性蛋白,可诱导机体产生中和抗体,在细胞内可被弗林蛋白酶切割为GP1和GP2,二者之间通过二硫键连接,形成三聚体,插入到细胞膜中形成病毒粒子的囊膜蛋白。GP1的功能是同细胞表面受体结合,而GP2则负责介导病毒囊膜和细胞膜的融合。在哺乳动物或昆虫细胞中共表达EBOVVP40和GP,可以形成病毒样颗粒(Virus-like particles,VLPs)。正是因为GP在EBOV生命活动中具有如此重要的功能,所以,对其GP基因序列进行系统进化分析以及蛋白全长的表达和功能的研究,将会有助于进一步了解病毒的进化机制和致病机理,为未来EVD疫情的预防和疫苗的研制有着重要的指导作用。  本研究中,首先为揭示2014年EVD大规模爆发中EBOV的快速进化和在人群中适应性突变规律,收集了1976-2015年间历次EVD疫情中分离的756条EBOV GP基因序列,采用多种分析软件如:PhyML,Garli,PAML和BEAST等对EVD疫情中EBOV GP基因序列进行比较分析,研究该病毒的遗传多样性、进化速率、种群动态和选择压力。结果显示,在EBOV GP基因编码序列中,未发现有影响蛋白质结构和功能的非同义替换的突变。此外,2014年西非EVD疫情和早期疫情之间dN/dS比率显著差异的原因,可能是由于随机突变的分隔造成的。同时,本文分析结果表明2014年EVD疫情中的病毒没有出现快速进化和适应性突变,因此推断导致2014年西非EVD疫情大爆发的主要原因不是病毒本身的毒力或传染性增强,而应该与非病毒因素,如环境和社会因素相关。研究结果为阐明EBOV进化机制和EVD疫情防控策略的制定提供了科学依据。  其次,为了在Escherchia coli(E.coli)中进行EBOV全长GP的表达,采用一种新的蛋白表达策略,将EBOV全长GP和VP40通过烟草蚀纹病毒或弗林蛋白酶切基序连接,成功地在E.coli中诱导表达了VP40-GP和GP-VP40融合蛋白,解决了全长GP无法在E.coli中表达的问题,为未来全长GP晶体结构的解析奠定良好的基础。  最后,为了获取EBOV VLPs和研究GP切割对其自身分泌VLPs形态的影响,分别构建真核表达质粒和重组杆状病毒表达EBOV VP40和GP,试验结果显示,目的蛋白在HEK-293T和Sf9细胞内均得到成功表达。但是,GP在HEK-293T细胞内可被切割为GP1和GP2,而在Sf9细胞内却没有被切割。在哺乳动物细胞中,无论EBOV GP是否被切割,都易于被转运至细胞外,而昆虫细胞中未被切割的GP则只有很小比例的蛋白被转运至细胞外。EBOV VP40和野生型GP共表达于HEK-293T细胞,可以形成VLPs,电镜观察显示其含有囊膜。然而,当EBOV VP40和突变型GP共转染HEK-293T细胞时,蛋白质印迹结果显示此突变型GP不能被弗林蛋白酶切割,电镜观察其形成的VLPs,显示其未有囊膜,该结果表明未被切割的全长GP可能无法插入到细胞膜中形成病毒的囊膜。重组杆状病毒可在Sf9细胞中表达EBOV VP40和GP,结果却显示GP未被切割,电镜观察其表达的VLPs,也未见有囊膜。因此,该结果也进一步暗示未被切割的全长GP无法插入到细胞膜中形成病毒的囊膜,即GP的切割对病毒囊膜的形成起着至关重要的作用。研究结果为EBOV VLPs疫苗及病毒抗血清研制奠定良好的基础。  综上所述,本研究揭示了(1)2014年西非EVD疫情中EBOV GP基因的进化速率没有随着疫情的发展而改变,同时未发现病毒中有快速进化和非同义突变;因此推断非病毒因素,如人口的增加、快速的城市化发展和落后的卫生设施可能是这次西非EVD疫情如此严重的主要原因;(2)通过与EBOV VP40的融合表达,解决了全长GP无法在Ecoli中被诱导表达的难题,成功地表达VP40-GP和GP-VP40融合蛋白;(3)EBOV GP是否被切割不影响其在HEK-293T细胞内的转运,但影响其在Sf9细胞内的转运,并且GP的切割与否对EBOV VLPs囊膜的形成有着至关重要的作用。
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