自然保护区有明显外部性,因而成为公共物品,建立保护区是保护生物多样性的重要途径之一。从经济学角度来说,提高财政投资效率具有重要意义。从中央财政投资来看,改革开放后,保护区快速发展,资金投入增加,尤其是十八大以来,中央政府将生态文明建设提到新高度,生物多样性保护备受重视,自然保护区建设和管理得到前所未有的关注。自然保护区建设和管理中如何更有效率的使用公共财政,是非常重要的现实问题,关乎生物多样性保护。以往的自然保护区建设过程中,虽然保护区资金投入逐年增加,但通过实地调研发现,资金来源渠道主要是地方财政和中央财政,资金的使用和管理缺乏规范,资金投入总量不足,资金使用限制重重,资金支出结构有待完善,资金主要用于人头事业费和基础建设支出等非保护业务领域,重建设轻保护,受地方财政影响,各保护区获得的资金投入不均衡。本文结合国家林业局保护司的“中国自然保护区投入及绩效评价研究”项目和环境保护部环境保护对外合作中心的“中国生物多样性保护资金投入评估方法及试点研究”项目,对辽宁、陕西、湖北、江西、云南、四川和广东七个省份29个自然保护区进行实地调研,获取我国自然保护区资金投入、使用和管理等方面的一手二手资料,对我国自然保护区资金投入现状和支出使用现状进行梳理,通过DEA数据包络方法对我国自然保护区资金投入绩效进行绩效评价,通过AHP层次分析法对我国自然保护区资金使用和资金管理的效果进行评价分析,同时对现行有关保护区资金方面政策法规进行有效性分析,实证研究得出以下结论：(一)我国保护区资金投入的总量是不足的,资金的使用和管理缺乏规范,自营创收能力差,资金使用受到限制,支出结构不合理,资金主要用于人头事业费和基础建设支出等非保护业务领域,重建设轻保护,受地方财政的影响,不同区域的保护区资金获取差别很大。(二)保护区资金投入的绩效不理想,综合效率较低,部分保护区呈现规模效益递增结果,需要增加资金投入促进保护区发挥更大的生态保护功能,部分保护区纯技术规模效益较低,亟待提高资源配置能力和管理水平。保护区级别、类型和工作人员能力都显著影响保护区资金投入产出绩效；(三)调研保护区资金使用和管理效果相差较大,一些地方保护区难以开展有效的日常保护工作,资金使用和管理效果与资金投入绩效有很强的正相关性。提高保护区资金使用和管理能力,能够极大的提高资金投入的绩效。(四)目前欠缺完备的规范的自然保护区资金投入、使用和监管政策法规,难以保障自然保护区资金的有效供给和资金使用效率,不利于自然保护区的长远发展和生物多样性保护。最后,基于本研究得出的结论,为提高我国自然保护区资金投入绩效,提高自然保护区综合保护能力,构建公共财政在自然保护区建设管理中投入使用绩效评价体系提出具体的政策建议。