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辣椒(Capsicum spp.)是茄科辣椒属蔬菜作物,其果实具有特有的辣味,是我国重要的调味品和主要蔬菜作物之一。我国的辣椒栽培品种多属一年生辣椒(C.annuum),由于长期的人工选择压力和杂交品种的广泛推广,造成辣椒种质遗传背景渐趋狭窄。因此,在搜集、保存辣椒种质资源基础上,开展辣椒种质遗传多样性分析、构建核心种质具有非常重要的意义。本研究首先利用SRAP分子标记,分析了512份辣椒种质遗传多样性,构建了初级核心种质;然后运用SSR分子标记对初级核心种质进行再次压缩,构建了核心种质,具体内容和研究结果如下:(1)辣椒种质资源的SRAP分析。在266对SRAP引物组合中筛选出21对多态性丰富的引物组合,利用这21对引物组合对512份辣椒种质进行了扩增,共扩增出685条谱带,平均每对引物扩增出32.62条,多态性条带23.10条,多态性比率达69.9%。遗传多样性分析结果显示,A-2群体的有效等位基因数Ne、基因多样性指数H和Shannon信息指数I均小于群体A-1和总群体A-3。聚类分析表明,512份辣椒种质之间遗传相似系数变化范围在0.543~0.997之间,平均为0.841,在遗传相似系数0.64处,可区分辣椒属3个栽培种,在相似遗传系数为0.836处,一年生辣椒可分为5个类群。(2)基于SRAP标记技术的辣椒初级核心种质的构建。依据SRAP分子标记扩增的数据结果,应用逐步聚类方法,构建了包含288个样品的辣椒初级核心种质,保留了56.25%的初始样品。对初级核心种质有效性检验表明,初级核心种质有效等位分子标记数为1.2262、Nei’s指数为0.1407、Shannon’s指数为0.2255,与初始样品没有显著差异,说明初级核心种质能较好地反映初始样品的遗传多样性。(3)辣椒初级核心种质的SSR分析。在153对SSR引物中筛选出65对多态性好的引物组合,对288份辣椒初级核心种质进行扩增,共扩出362个多态性片段,平均每对引物扩增出5.57个位点,多态性比率达100%;运用SSR标记对种间辣椒样本群进行遗传多样性分析,结果显示,B-2群体的基因多样性指数H和Shannon信息指数分别为0.1287和0.2005,均小于群体B-1和总群体B-3,说明一年生辣椒种内的变异小于辣椒属种间的变异。聚类分析结果表明,288份初级核心种质遗传相似系数变化范围在0.008~0.955之间,平均为0.445,在遗传相似系数为0.236处,可将288份辣椒分为3个类群;在遗传系数0.418处,277份一年生辣椒种质被分为7个类群。(4)基于SSR标记技术的辣椒核心种质的构建。利用SSR分子标记对288份辣椒初级核心种质,进一步压缩,根据SSR扩增结果,进行逐步聚类,对具有特异农艺性状的材料优先选入核心种质库,构建了包含200个样品的辣椒核心种质,保留了39.05%的初始样品。对核心种质有效性检验表明,除观测等位分子标记数外,其他指标与初级核心种质差异不显著,说明核心种质能够很好的代表初级核心种质。