目的：比较甲状腺乳头状癌和甲状腺良性病变中的Galectin-3、CK19、HBME-1蛋白的表达差异及BRAF基因突变差异，寻找对甲状腺乳头状癌诊断高特异性和高敏感性的分子标记物或遗传学事件。方法：采用免疫组织化学Envision二步法检测82例甲状腺乳头状癌和82例甲状腺良性病变中Galectin-3、CK19、HBME-1蛋白表达状况;采用聚合酶链反应及DNA测序法检测60例甲状腺乳头状癌和60例甲状腺良性病变中BRAF基因突变状况。结果:1. HBME-1、Galectin-3、CK19蛋白在82例甲状腺乳头状癌中的阳性表达率分别为98.8%、97.6%、100%，在82例甲状腺良性病变中的阳性表达率分别为6.1%、25.6%、50%，两者比较，各蛋白表达差异均具有统计学意义（P＜0.05），而甲状腺乳头状癌中各蛋白标记物的表达与临床病理参数间无相关性；HBME-1、Galectin-3和CK19对甲状腺乳头状癌的诊断敏感性分别是98.8%、97.6%、100%，特异度分别是93.9%，74.4%、50%，联合检测三项蛋白指标，并以HBME-1联合CK19或Galectin-3同时表达作为PTC诊断标准时，敏感度可高达99.9%，特异度达95.4%；2. BRAF基因在60例甲状腺乳头状癌中突变率为66.7%，在良性病变中突变率为0%，二者间突变差异有统计学意义（P＜0.05），甲状腺乳头状癌中BRAF基因突变与临床病理参数间无相关性。结论：1.蛋白标记物Galectin-3、CK19、HBME-1对甲状腺乳头状癌的诊断均有一定病理价值，其中以特异性和敏感性均高的HBME-1最为理想，而联合检测特异度敏感度更佳；2. BRAF基因突变是甲状腺乳头状癌发生的一项重要事件，对其确诊可能具有价值。