山药（Dioscorea opposita）是全球重要的经济类块茎作物,近年来,山药实施“南薯北移”的种植策略,内蒙古西部地区及陕甘宁、新疆等地有望成为我国山药规模化种植的新兴产区。但南方优质山药因气候不同、不易贮藏等问题难以完全表现其特点,甚至和当地山药野生种形态相近,再加上因目前种质资源频繁交换,导致品种间命名杂乱无章,给山药新品种的选育和种质资源的利用带来严峻挑战。本研究对我国不同地区的55份山药材料21个地上部与地下部形态特征分析,结合SSR分子标记数据进行遗传多样性分析,并分别建立两种标记下的山药初级核心种质库,研究结果为山药种质资源保存和利用提供科学依据。主要研究结果如下:（1）山药表型性状遗传多样性分析结果表明,55份山药材料变异系数范围为0.13～1.24,表现出丰富的变异程度。在13个地上部性状中,其中是否开花这一指标变异系数相对最大,而叶长相对最小;在8个地下部性状中,块茎重变异系数相对最大,块茎长的相对最小。21个形态学性状平均遗传多样性指数为5.71,其变幅为5.68～5.77。（2）通过对55份山药材料的21个互相独立的形态学性状进行聚类分析表明,其遗传距离在1.3865～10.9915之间。当阙值为7.66处被分为四大类群,进一步在阙值为7.56处可将第一大类分为两个亚类。55份山药材料从叶形方面可做以下三种区分:参薯、普通山药、云南薯蓣。（3）对55份山药种质资源的形态学测定结果进行主成分分析,结果表明,第一主成分主要代表山药块茎的数量特征,第二主成分主要代表山药叶片数量特征。第三主成分主要代表叶形和块茎须根数。因此,在对山药形态学形状进行统计分类时,首先考虑块茎数量特征,其次是山药叶片数量特征,最后再结合叶形和块茎须根数对其进行分类。（4）通过对比形态学标记下不同抽样比率遗传多样性参数,结果表明抽样比率30%时构建的核心子集对于原始群体的代表性最好,且对原始性状的保留率也最高,可以作为基于形态学标记的初级核心种质库。利用前2个主成分结果模拟出初级核心种质与原始群体的样本分布图,发现其对于原始群体的遗传变异程度和遗传多样性都充分表达,从空间上验证了初级核心种质库的代表性。（5）采用筛选出的12对SSR引物分别对55份山药材料进行PCR扩增,结果显示12对引物扩增条带数为6～25条,12对引物共扩增出128个位点,其中多态性位点为126个,多态率占98.43%。所扩增片段大多集中于250～750 bp之间。扩增数据经POPGENE 32软件分析可知,平均有效等位基因数（Na）为1.9844,单个位点平均有效等位基因数（Ne）为1.4204,平均Nei’s基因多样性指数（He）为0.2650,单个样品扩增条带平均Shannon信息指数（I）为0.4172。遗传一致性在0.5703～0.8984之间,遗传距离在0.1071～0.5480之间,有丰富的遗传多样性。聚类分析中,在阙值为0.690处可以将55份山药种质分为两类,进一步在阙值为0.743处可以将第1类大部分种质分为5个亚类,海口山药（55）与江西泰和山药（33）在第1类中没有明显的聚类关系,分别单独聚为一类。（6）通过对比SSR标记下不同抽样比率遗传多样性参数,结果表明抽样比率为30%时构建的核心子集对于原始群体的代表性最高,可以最为基于SSR标记的初级核心种质库。初级核心种质与原始群体的主坐标分析图进一步在空间上验证了其可充分代表原始群体。（7）对基于形态学和SSR标记构建的初级核心种质库A30与B30的农艺性状变异参数和遗传多样性参数比较发现,两个核心子集各有利弊,在实际应用中,应综合形态性状和分子标记考虑,从而真实反映山药种质资源的变异程度。