公立非营利性医院改革是“新医改”的重点和难点。“新医改”在推进公立医院改革试点中,明确提出补偿体系和补偿机制改革,逐步取消药品加成收入。因此,如何构建科学适宜的公立非营利性医院补偿体系、完善补偿机制,决定着公立医院能否可持续发展,也直接影响着新一轮医药卫生体制改革的成败。论文首先对比分析了国际上三种代表性的医院补偿机制,即公共集成模式、公共合约模式和商业保险模式,并综述了国内外公立医院补偿体系和补偿机制的相关理论成果。在此基础上,论文深入分析了我国公立非营利性医院成本结构和收入结构的特点,建立了规范的医院成本发生与补偿之间的映射关系,构建了包括政府补偿、市场补偿和社会补偿三大补偿渠道的公立非营利性医院补偿体系,并定性分析了补偿体系的结构和功能。其次,利用系统动力学理论和方法,基于Vensim仿真平台深入分析了公立非营利性医院补偿机制的因果关系图,通过流图和方程构建了系统动力学模型,并进行系统检验和测试。最后,在补偿机制模型的基础上,依据2002年到2010年《广东省卫生统计年鉴》,研究了广东省公立非营利性医院补偿现状,并通过数据的分析和处理,确定仿真模型中各参数的初试值。通过模型的模拟、敏感性试验和政策干预试验,论文模拟出了政府补偿、市场补偿和社会补偿系统的结构特征和行为机制,据此分析了广东省公立非营利医院补偿机制,并提出相应的政策建议,对国家宏观层面医改政策设计及具体操作具有一定的借鉴作用。