云南地区不明原因猝死相关基因突变检测

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 4次 | 上传用户:reato
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[目的]不明原因粹死(sudden unexpected death,SUD)是当前法医学领域研究的热点问题。云南不明原因粹死(yunnan sudden unexpected death,YNSUD)是特指发生在云南一些偏远山区、半山区,具有明显的家族或家庭聚集性、空间聚集性和时间聚集性等特点的猝死。此外,在云南省各地尚存在无上述聚集性特点的散发性SUD。上述云南地区SUD因病因不明、无有效防治措施,已成为医学、法医学的难点问题。本研究拟检测SUD、YNSUD的相关基因及基因突变,以探索其死亡原因及死亡机制。[方法]1.样本的选取:选取1984年~2015年间昆明医科大学法医学院所做的发生于云南地区的经法医病理解剖、组织学检验及常规毒药物检验等全面检验后仍不能明确死亡原因的猝死案例,共95例。2.对90例散发性SUD案例、3例YNSUD案例的KCNQ1-Exon3第572-592碱基、KCNQ1-Exon6 第 805-905 碱基、KCNH2-Exon7 第 1681-1902 碱基、KCNH2-Exon9第 2398+5 碱基、SCN5A-Exon3 第 283-362 碱基、SCN5A-Exon28 第 5291-6016 碱基利用软件PrimerPremier 5.0设计引物、PCR扩增、DNA直接测序。测序结果通过NCBI数据库比对筛查出突变位点并对错义突变位点进行蛋白质功能预测,其蛋白质预测结果用pspe表示。3.对2例YNSUD案例(互为母女)及其家系样本1例(祖父),进行全基因组测序。对结果进行家系分析。[结果]1.猝死相关基因突变位点筛查结果:(1)90例散发性SUD案例中有28例样本检测出猝死相关的30个突变位点。KCNQ1基因3号外显子c.576G>T(p.R192L)筛查出1例错义突变样本,其pspe=0.982。KCNH2基因7号外显子筛查出4个位点的杂合突变,1例样本筛查出c.1789T>A(p.Y597N)杂合突变,其psp e=0.994;1例样本筛查出c.1769G>A(p.G590D)杂合突变,其pspe=0.559;19例样本筛查出c.1801G>A(p.G601S)杂合突变,其pspe=0.125;10例样本筛查出 c.1800C>A(p.S600R)杂合突变,其 pspe=0.03。KCNH2 基因 7 号外显子 c.1765C>T、SCN5A 基因 28 号外显子 c.5295T>C、SCN5A 基因 28 号外显子 c.5447C>T各筛查出1例同义突变。(2)3例YNSUD案例中,KCNH2基因7号外显子筛查出 c.1801G>A(p.G601S)1 例杂合突变样本,其 pspe=0.125。2.全基因组测序筛查出与SUD相关的OBSCN、TTN基因的共5个突变位点,其突变位点分别为1号染色体OBSCN基因c.228548197G>A(密码子变化:cGt/c At),c.228550426C>T(密码子变化:Ccc/Tcc),c.228564884G>A(密码子变化:cGc/cAc);2 号染色体 TTN 基因 c.179558366A>G(密码子变化:Att/Gtt),c.179582537C>G(密码子变化:gCg/gAg)。[结论]1.SUD、YNSUD案例中,筛查出五个突变位点,分别是KCNQ1基因576位置,KCNH2 基因 1789、1769、1800、1801 位置。2.通过对筛查出的错义突变位点进行蛋白功能预测发现,KCNQ1基因3号外显子 c.576G>T(p.R192L)和 KCNH2 基因 7 号外显子 c.1789T>A(p.Y597N)的突变较可能导致对应离子通道蛋白功能改变,可能与SUD相关。3.通过全基因组测序发现与猝死相关的OBSCN基因c.228548197G>A、c.228550426C>T、c.228564884G>A 和 TTN 基因 c.179558366A>G、c.179582537C>G 的错义突变。4.SUD、YNSUD可能与相关基因突变有关。
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