本文以我国农民专业合作经济组织为研究对象,将农民专业合作经济组织系统管理纳入社会主义新农村建设的大背景中,从组织自身和农户两个角度入手,针对农民专业合作经济组织存在的问题,对其发展进行深入系统的分析和实证研究。以突破国际合作制基本原则,克服合作组织的资本、效率和竞争先天不足的局限性,最终达到系统内外各个要素功能的优化,整个系统良性互动的目的。以期为我国农民专业合作经济组织的建设提供借鉴。这些对于把握我国农民专业合作经济组织发展的基本方向和路径,制定相关政策具有十分重要的现实意义。本文主要研究内容和创新之处如下:(1)对农民专业合作经济组织构建的理论基础进行了系统的梳理。包括农民专业合作经济组织的基本理论,制度变迁理论、交易费用理论、公共选择理论、系统管理理论、平衡计分法的理论支持。(2)对国内外经济组织发展变革模式进行了比较研究。总结了国外农民专业合作组织的发展特点及经验;比较德国、美国、日本农民合作组织的发展及对我国借鉴;分析了我国农民专业合作组织发展历程与现状。提出不同发展阶段,农民专业合作经济组织系统要素的功能变化特征不同,农民选择合作的路径不同,合作组织的发展方向也不同。农民专业合作经济组织的发展是不会以某个群体或某个人的意志而发生制度变迁的。(3)农民专业合作经济组织系统要素的合理配置。运用系统论的观点,将农民专业合作经济组织作为一个准企业化管理系统,进而对其系统环境和系统内部功能进行分析。从组织自身和农户两个角度入手,针对农民专业合作经济组织系统存在的问题,对其发展进行深入系统的分析和实证研究。首先从农户(社员和非社员)参与合作的意愿和行为出发,通过分析其影响因素,进而揭示我国农民专业合作经济组织结构与管理创新的路径选择;其次从农民专业合作经济组织自身发展需求出发,分析了农民专业合作经济组织生存与发展的限制因子。(4)提出“依据区域农村发展的特点,探索具有中国特色的农民合作组织发展路径,营造集经济、教育和社会性为一体的中国农民合作文化,尊重农民的意愿与选择,走政府推动和农民自发相结合的发展道路”的观点。(5)就我国农民专业合作经济组织发展与管理创新,提出了新的组织管理结构设想,以突破国际合作社基本原则,实现社员收益和资本收益的最大化。取向强调发展和承认个人能力差别的原则,由个人能力差别决定其在合作组织中的地位。为政府相关部门建立合作组织的新制度提供了参考依据。