基于线粒体基因组的中国大叶蝉亚科属间系统发育研究

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大叶蝉亚科Cicadellinae隶属于半翅目Hemiptera,头喙亚目Auchenorrhyncha,叶蝉总科Cicadelloidea,叶蝉科Cicadellidae。本研究测定了大叶蝉亚科13个属14个种的线粒体基因组数据。在此基础上,利用比较基因组学和生物信息学的方法分析了大叶蝉亚科昆虫线粒体基因组的特征,并基于线粒体基因组数据对其系统发育关系进行了初步探讨。主要研究结果如下:1、大叶蝉亚科线粒体基因组的组成。共测定了14个种的线粒体基因组数据,基本结构均含有37个基因,其中14个基因由N链编码,23个基因由J链编码;碱基组成中AT使用量大于GC使用量,使用最多的密码子是UUU>AUU>AUA>UUA>UUC,三联体密码子全部由A或T组成;绝大多数的蛋白编码基因采用ATN作为起始密码子,大多数的终止密码子为TAA;线粒体基因组中tRNA基因的反密码子未发生突变现象,其中亮氨酸(Leu)和丝氨酸(Ser)都发现2组同功受体,除了trn-S1(AGN)的二级结构缺少DHU臂外,其余的21个tRNA的二级结构均能折叠成典型的三叶草结构;每个线粒体基因组中出现了几个或十几个非编码的基因间隔,其中最大的非编码区域在srRNA和tRNA Ile之间。2、大叶蝉亚科比较线粒体基因组学。线粒体基因组大小范围在1.47kb-1.65kb之间,属间无明显的规律性;线粒体基因组没有发现增加或缺失现象,基因组成和排列方式非常保守,未发生基因重排现象,但是基因组之间的常出现基因重叠和间隔;线粒体基因组的核苷酸组成呈明显的AT偏向性,范围在76.4%-81.7%之间。3、基于线粒体基因组的大叶蝉亚科属间系统发育分析。利用本研究测序获得的14种大叶蝉线粒体基因组数据,共选取叶蝉科6亚科47种,以角顶叶蝉亚科作为外群,运用最大似然法和贝叶斯法对中国大叶蝉亚科13属进行系统发育分析研究。结果表明:大叶蝉亚科构成一单系群,Cofana、Cicadella属始终形成一支,Anagonalla与Erragonalia属始终是姊妹群关系,Atkinsoniella、Nanatka属始终聚合在一枝,Paratkina+Stenatkina和Gunungidia+Anatkina始终是姊妹群关系,加上Seasogonia属共11属构成的亚单系关系较近,但Seasogonia属在系统发育树中的分支地位不是很稳定;Kolla和Bothrogonia亲缘关系较近,始终与Draeculacephata、Bothrogonia属聚合在一起形成一亚单系群。
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