甜瓜种质资源极其丰富,表型变异也极为广泛,了解这些性状的遗传规律能够指导甜瓜育种。分子标记和生物信息学方法被广泛应用于图谱构建、遗传多样性分析和基因定位等方面,在当前甜瓜育种中有较大的应用空间和潜力。本研究利用62个SSR标记对甜瓜材料的8个农艺性状进行关联分析,挖掘出了与甜瓜农艺性状相关联的标记位点。另外通过序列比对,开发出了与甜瓜果肉颜色紧密连锁的InDel分子标记。本文旨在探寻和开发可应用于甜瓜育种中的功能型分子标记,以实现对甜瓜性状的预测以及快速筛选,达到精确育种的目标。主要研究内容及结果如下:1.对144份甜瓜材料3个季度的16个农艺性状表型数据分析发现,甜瓜性状变异极其丰富。其中8个质量性状多样性变化范围为0.36².29,平均值为1.16;8个数量性状的变异系数范围为10.0%⁴9.0%,其中平均单瓜重的变异系数最大。三个季度平均单瓜重平均值的变化范围为25.67¹937.33 g,平均值为910.84 g,其变幅最大为74.5倍。结果表明材料群体具有丰富的表型变异。2.选取遗传多样性较高的8个性状,在144份甜瓜材料中对62个SSR标记进行回归分析。在p<0.01显著性水平下,共有69个标记位点（次）在8个性状中达到极显著关联,平均每个性状关联标记数目为8.6个。其中,与可溶性固形物含量关联的标记位点数目最多,达到了18个;连锁群LG1上关联标记数目最多,为10个。PIC值分析表明厚皮材料中标记多态性明显高于薄皮材料,因此另对144份材料中的厚皮甜瓜材料（64份）进行关联分析,共鉴定出49个极显著关联性标记位点,平均每个性状关联位点6.1个。关联位点最多的性状是单性花和可溶性固形物含量,关联位点个数均为13个。连锁群LG9上关联标记最多为7个。选取了具有特殊表现性的特异材料,对其表型和位点特异性进行了分析,初步了解了其遗传构成,该结果对分子标记辅助育种在甜瓜育种中的应用起到一定的指导作用,为利用分子生物学手段培育优良甜瓜品种提供依据。3.通过对橘肉和非橘肉甜瓜材料中果肉颜色控制基因CmOr序列进行比对,在其内含子区域发现了一个插入缺失位点,根据插入缺失两侧的序列设计引物,在28份不同果肉颜色的甜瓜材料中进行验证,发现该标记能够准确的区分出橘色果肉甜瓜。进一步应用于甜瓜性状转育中,对F₂代分离群体进行筛选准确率在93%以上。利用与甜瓜黄色果皮性状相关的InDel分子标记,选取50份厚皮材料进行验证,总体鉴定准确率为84.0%。表明以上2个标记均可用于甜瓜育种工作中。