近年来我国着重提升基本公共服务能力,其中医疗卫生作为保障居民健康、促进社会和谐稳定的基础工程备受重视。云南省同样重视医疗卫生系统发展,不断增加医疗卫生财政资金的投入规模,争取在有限的医疗卫生资金下,为居民提供更好的医疗卫生服务,提高医疗卫生资金的绩效水平,不断完善全省医疗卫生体系,提升医疗卫生服务水平,充分发挥云南省财政医疗卫生支出的作用。本文以公共物品理论、政府绩效评估理论为基础,对财政医疗卫生支出和财政支出绩效的概念进行界定,通过阅读文献初步构建云南省财政医疗卫生支出绩效评价体系,运用德菲尔法向专家学者、政府工作人员进行指标的咨询并删选,最终确定云南省财政医疗卫生支出绩效评价指标体系,以投入、过程、产出、效益为一级指标,以政府卫生投入、卫生服务可及性、卫生服务水平、卫生服务利用率和健康水平影响作为二级指标,选取医疗卫生支出、医疗卫生支出占财政支出的比率、医疗卫生机构数、医疗卫生床位数、卫生技术人员数、孕产妇死亡率、婴儿死亡率、法定甲乙类传染病发病率、医院病床使用率、出院者平均住院日作为三级指标。接下来,将医疗卫生支出、医疗卫生支出占财政支出的比率、医疗卫生机构数、医疗卫生床位数、卫生技术人员数作为“输入”指标,将孕产妇死亡率、婴儿死亡率、法定甲乙类传染病发病率、医院病床使用率、出院者平均住院日作为“输出”指标,采用DEA研究2014年至2018年云南省医疗卫生支出的绩效水平,实证结果表明综合技术效率近三年来未达到DEA有效,即云南省财政医疗卫生支出绩效不足,需要进一步提升。在此基础上深挖问题原因,存在云南省医疗卫生领域财政事权和支出责任划分不清晰、财政医疗卫生投入不足、医疗卫生人才不足、医疗卫生技术及资源使用有待提高的问题。对此,提出明确省与各州市医疗卫生领域财政事权和支出责任、增加医疗卫生资金投入、加强医疗人才队伍建设、提高医疗卫生技术及资源使用效率、促进医疗卫生资源可持续发展、健全医疗卫生支出监管制度的建议。