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微生物分离培养一直是传统发酵食品微生物多样性分析的前提,虽然这是最常用的方法但是有一定的局限性,而且工作量大、操作繁琐,并且以现有的水平不能将其中真实存在的菌株100%的分离出来。但是我们可以通过分子生物学的方法,在遗传水平上进行微生物多样性的研究。分子生物学技术与传统的培养方法相比,可以更直接的揭示发酵过程中各种微生物的生长规律,并且在探讨发酵过程中微生物的种群结构上,明显显示出了优越性。自1993年以来,PCR-DGGE技术被Muyzer引入微生物生态学领域。这项技术已经被广泛的应用与传统发酵食品微生物多样性的研究中,并且已成为研究特殊生境中微生物多样性及种群结构的重要工具。本研究经过样品处理、稀释浇注平板及进行耐盐筛选,得到以下结果：1.通过传统方法,从9种豆酱样品中分离得到53株微生物,经过革兰氏染色及镜检,观察菌落宏观形态特征结合初步鉴定为以下几类：细菌37株,酵母菌9株,霉菌7株,共筛出3株耐盐菌：xj007、xj008、jm004,最高耐盐程度可达15%。2.从豆酱提取基因组后对其进行电泳,在细菌DGGE电泳图中,有A、B、E、F四个明显的条带,其中C条带只在样品4号、7号、8号中出现。在酵母DGGE电泳图中,有A、D、F三个明显的条带,其中条带B仅在第3号、8号样品中出现,说明即便是传统发酵的豆酱,地域的差异致使了微生物多样性。3.通过对分离纯化出来的部分细菌、真菌分别进行16S rDNA及18S rDNA序列扩增,经测序公司测序,将序列在NCBI上进行比对,构建系统发育树得到：xj001为片球菌属,xj008为植物乳杆菌,jm002为酿酒酵母,jm004为假丝酵母；mj001与曲霉属的进化距离最近,mj005为高大毛霉。片球菌(Pediococcus spp.),曲霉菌(Aspergillus spp.),嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus),德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)在DGGE分析中未检出,米酒乳杆菌(Lactobacillus sakei)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、土星拟威尔酵母(Williopsis saturnus)未能通过传统的培养方法筛选得到,但在DGGE分析中检出。