银杏(Ginkgo biloba L.)是银杏目现存的唯一植物，具有极高的经济价值和科研价值。 本文利用RAPD分子标记技术对来自全国11个省的40个银杏雄株无性系进行遗传差异分析。同时对控制授粉获得的银杏杂交子代的种子性状、苗木生理指标、生长性状及药用质量指标的变异进行了初步研究，取得的主要研究结果如下： 1．从100多对引物中筛选出12对稳定性和重复性好的引物进行扩增，12对引物共扩增出了96条带，多态性条带41条，多态位点百分率为42％，平均有效位基因数为1.6440，平均基因多样度为0.3752，平均Shannon信息指数为0.5562。聚类分析表明，无性系间的亲缘关系与地理位置有关。 2．杂交子代的种子性状有显著差异。银杏种子(核)重量性状变异大，而形态性状则较为稳定。相关性分析表明，选择单粒种子重、种核宽、种核厚、种子宽、种子长等性状指标值较大的性状有助于选择单粒种核重大的品种。 3．杂交子代的生理指标差异显著，指标在各月间发生大小变化。相关分析表明叶片净光合速率、蒸腾速率、硝酸还原酶活性、多酚氧化物酶活性可以初步确定为银杏苗木生长的早期选择指标。 4．杂交子代的生长性状有显著差异。和对照相比，杂交子代在苗高、单株生物量等主要性状上表现优异。 5．通过相关分析，选出10个指标作为苗期早期选择指标；采用因子分析和聚类分析方法，初步选出了生长优异的5个家系。 6．杂交子代的药用质量指标差异显著。黄酮类化合物含量中，槲皮素含量＞山奈素含量＞异鼠李素含量；内酯类化合物含量中，银杏内酯A含量＞白果内酯含量＞银杏内酯B含量＞银杏内酯C含量。变异分析表明，同时对银杏叶片药用质量指标和叶生物量进行选择有利于取得更好的效果。通过聚类分析，选出表现比较优异的8个叶用家系。杂交子代叶片的6种金属元素含量差异显著。