1985年，国家改革科研事业单位拨款制度。改变原有完全稳定拨款模式，引入竞争性项目资助。科研经费管理的焦点从如何解决经费不足，转变为如何规范项目经费管理、提高项目经费使用效率。项目成本补偿模式选择、成本补偿标杆设置、间接成本补偿等成为我国国立科研机构科研项目成本补偿机制面临的关键问题。据此，本文采用案例研究、数学建模、数据分析、专家访谈等方法，开展了我国国立科研机构科研项目成本补偿机制设计的研究。主要研究内容和结论包括:　　 首先，基于英、美、日三国成本补偿管理的实践，研究发现了成本补偿的两种模式:以英美为代表的精细化成本补偿模式和以日本为代表的粗放式成本补偿模式。精细化成本补偿模式的特点是:以人员工时单、建筑物使用记录、仪器设备使用记录等数据为基础精确计算项目的直接成本。以机构上一年度的历史数据为基础计算机构层面的间接成本率。粗放式成本补偿模式的特点是:在项目总额范围内，成本补偿的内容和额度以满足科研人员要求为标准，不做硬性规定。在此基础之上，本研究还对我国的成本补偿理念、方法和内容进行了梳理和分析，并以中国科学院为案例，研究我国成本补偿模式的现状。研究发现，我国的成本补偿管理条例中借用了精细化管理的理念，但在实际操作中却形成了相对粗放的管理现状。　　 其次，基于中、日两国近十年国立科研机构层面的成本支出数据，应用聚类分析的方法，研究发现:成本支出结构存在按学科分类的特点。从事相似学科研究的机构之间，成本支出结构的相似性较强。从事不同类型学科研究的机构之间，成本支出结构的相似性较弱。应用回归分析的方法，研究发现:不同学科人员成本、业务成本占总成本支出的比例存在一定差异。人员成本支出方面，社会科学领域最高，达41.3％;数学、物理、化学与化工、生物学领域次之，为33.8％;技术科学、地学领域最低，为22.8％。　　 再次，开展了稳定拨款与竞争性项目资助两者关系的研究。研究发现:成本补偿机制可以作为工具，缓解资助结构变动对机构可持续发展的影响。英国采用精细化计算的方法，通过支付项目全经济成本的方式，提高对机构间接成本的补偿比例，从而缓解由于项目资助大幅度增加、资助结构失衡对机构可持续发展产生的影响。德国弗劳恩霍夫协会在资源配置阶段，采取制定阶梯形成本补偿比例的方法，从源头控制两种资助结构的比例，预防资助结构失衡。我国则采用阶段性、刚性调整成本补偿比例的方法，应对资助结构的动态变化。　　 最后，基于机制设立理论的框架，以满足最优机制设计的信息效率和激励相容为标准，结合对成本补偿模式选择、成本标杆设置、动态资助结构下成本补偿对策的分析结果，研究提出:　　 (1)采取标杆控制、弹性管理的成本补偿模式;　　 (2)建立符合科研活动特征的成本补偿标杆控制体系;　　 (3)改革成本补偿机制刚性调整的现状，基于分类管理的原则，建立弹性的成本补偿对策等为核心的未来机制设计的理念。　　 科研项目成本补偿机制涉及的研究问题范围广泛、与管理实践联系紧密。本文围绕我国管理实践面临的三个关键问题，从理论上析了作为不同于一般生产活动的科研活动其成本概念、成本补偿理论、管理方法的特点;系统梳理、归纳总结国际管理实践中的模式、对策;以定性与定量相结合的方法，客观分析我国管理实践的现状和问题;基于科学的方法提出未来机制设计的理念。