随着国家对高等教育越来越重视和教育改革的进一步加深，同时高校办学规模和自主权也不断加大。然而高校内部贪污舞弊案件频发暴露了高校在运营过程中存在漏洞。因此如何高效合理地使用资金，如何在保证公共资源使用安全合法的过程中扩大资源的使用效益，成为高校必须正视的问题。高校要保证资金使用的合规合法和科学性，需要根据高校的性质以及运营情况建立相应的内部控制制度。高校可以借鉴优秀企业的管理方法进行学校业务活动的管控，通过制定一系列规章制度，设置相应的不相容岗位对经济活动进行相应管理，并通过设置授权审批制度、财务控制制度、归口管理、会计控制等系列管控制度对高校进行管理，以保证高校经济活动符合国家相关政策、保证各项活动不偏离学校发展规划，促进高校更好的完成规划任务从而实现自身的发展。预算是高校运营过程中的一项重要管理方法，是对一段期间高校各项业务活动进行资金的分配计划，通过对预算编制控制、预算执行的控制以及预算绩效考核的控制实现对高校资源使用的全程管控，通过对资源使用情况进行分析，设置相应的奖惩制度，从而保证高校资金使用合规合法和提高资金使用效益。　　本文以财务控制理论、公共管理理论、委托代理理论为基础，通过对《行政事业单位内部控制规范》的研究，以及阅读大量高校预算内部控制相关文献，为后续研究提供了文献支撑和理论基础，通过对高校内部控制的含义、高校预算内部控制的含义的分析，掌握高校预算内部控制的现状，并以CT高校预算内部控制的建设情况为例，通过对CT高校预算编制、预算执行和预算绩效考核设置情况的分析，针对CT高校预算业务内部控制中存在的问题，提出相应的解决措施。　　通过分析CT高校的预算业务内部控制情况，发现CT高校存在内部控制环境不完善、预算编制缺乏科学性和合理性、预算业务内部控制缺乏有效的激励机制等问题，本文根据预算业务的流程提出健全CT高校预算内部控制的相关建议，第一，针对预算内部控制环境，需要增强领导对于预算的重视并设置相关的预算控制组织机构；第二，针对预算编制，CT高校需要完善编制的内容并根据高校实际情况选择合理的预算编制方法；第三，针对预算执行，CT高校应从强化预算执行力、规范预算调整流程和建立预算执行信息反馈机制；第四，CT高校应当建立相应的绩效考核和奖惩机制。　　本文为高校预算内部控制研究积累了新的经验，对CT高校预算内部控制进行实地考察和深入访问也为高校预算内部控制研究充实了案例资源，同时CT高校预算内部控制相应的改善措施对全国其他高校进行预算内部控制建设也有借鉴意义。