在村民自治的实际运行中,乡镇行政权与村民自治权间发生了很多的矛盾和冲突,两者关系的失衡严重阻碍了我国村民自治制度的不断推进与完善,影响了农村社会的和谐稳定。因此,研究乡镇政权与村民自治权间的关系问题,对于促进我国基层民主制度的发展有着重要理论与实践意义。乡镇行政权与村民自治权在政治权益与经济权益方面均出现了失衡,如乡镇干预村民委员会的选举,乡镇通过派出机构控制村委会,乡镇通过控制村党支部来控制村委会等;乡镇通过目标管理、奖惩、工资等措施控制村委会,乡镇通过“村财乡管”控制村委会,乡镇干涉村民自治组织的生产经营自主权以及乡镇对农村公共产品供应的缺位。乡镇行政权与村民自治权关系失衡的原因主要有:国家放权让利的农村发展战略引发的矛盾、相关法律制度的不完善、乡镇现行体制的制约、村民自治能力不强以及乡镇与村庄拥有资源的不对称。要平衡乡镇行政权与村民自治权间的关系,就要从宏观体制、法律制度、乡镇、村庄四方面着手进行改革。首先,要改变国家的农村发展战略。第二,健全规范乡村关系的法律制度体系。如将乡镇政府与村民委员会间的关系具体化,明确村委会与村党支部的职权范围,完善村民委员会的选举制度,完善村民自治权的法律救济机制。第三,要改革和完善乡镇政府管理体制。如转变乡村干部观念,建立新型乡村关系,转变乡镇政府职能,改革乡镇财政管理体制,推行乡镇政务公开,改革县乡压力型行政体制与政绩考核制度。第四,提高村民的自治能力。如提高广大村干部与群众的素质,加强村民委员会的建设,加强农村党支部的建设,大力培育农民维权组织,大力发展农村集体经济。