本研究采用13个微卫星标记对我省12个地方鸡种(瑶山鸡、黔东南小香鸡、黔东南小香乌骨鸡、高脚鸡、矮脚鸡、兴义本地鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、乌蒙鸡、威宁鸡竹乡鸡、竹乡乌骨鸡)及一个引进鸡种(隐性白洛克)共13个种群的遗传结构和亲缘关系进行了研究分析，得到如下结果： 　　(1)所研究13个鸡种在13个微卫星座位上共检测出91个等位基因，各座位上的等位基因数为4～11个，平均为7±2个。各鸡种在各座位上的等位基因频率从0.0119～0.8333。在非共享等位基因数(50)中的20个为贵州地方鸡种所专有，在对照鸡种隐性白洛克中没有表现。表明了贵州地方鸡种具有自己的特色。 　　(2)13个微卫星座位的多态座位百分数均达100％。13个种群的平均观察杂合度为0.8843，平均期望杂合度为0.7212，平均Nei氏期望杂合度为0.7089；其中12个地方鸡种的分别为：0.887，0.6349，0.7084。13个种群的平均多态信息含量为0.6590，其中12个地方鸡种平均为0.6549。13个群体的平均有效等位基因数为3.8103±1.1299，其中12个地方鸡种为3.8029±1.1352。表明所研究群体的遗传多样性十分丰富。 　　(3)根据13个鸡种在13个微卫星座位的基因频率，运用genepop1.31软件计算得到13个群体两两之间的Nei氏标准遗传距离在0.0900～0.3719之间，遗传相似系数在0.6894～0.9139之间。其中黑羽乌蒙乌骨鸡和威宁鸡之间的遗传距离最近，为0.0900，两者的遗传相似系数最大为0.9139；隐性白洛克和瑶山鸡间的遗传距离最远为0.3719，两者的遗传相似系数最小为0.6894。表明贵州地方鸡种间的的遗传关系相对较近。 　　(4)根据逐步突变模型(SUM)，估计并比较了所研究13个种群间在不同的微卫星假设突变率下的遗传分化时间后，提出在估计家鸡品种间的遗传分化时间时，以假定微卫星的平均突变率介于1×10-5至1×10-4之间为宜。 　　(5)通过UPGMA/Ds聚类，所研究13个鸡种被明确分为两大类，其中贵州省的12个地方鸡种独立聚为一大类，对照鸡种隐性白洛克单独聚为另一类。表明贵州地方鸡种在遗传上具有相对独立性。(6)根据聚类分析结果，并综合考虑各地方鸡种的体型外貌、生产性能、生态地理分布特点、以及全省优质鸡生产开发的需要提出了贵州地方鸡种的保种群体应划为五类。 　　(7)根据研究得到贵州地方鸡种遗传多样性十分丰富的结果，以及我省地方鸡种目前主要在农家养育保存的现状，提出了对贵州地方鸡种在产区设置保种区以保存资源并设置选育场以进行选育利用相结合的保护与开发利用模式。