乡镇社会治理模式事关农村经济发展和社会的稳定发展，事关中国社会主义新农村建设。目前，乡镇治理的探索主要在理论和实践两个层面，但两者的互动较少，理论和实践各有其不足。 “后农业税时代”是中国农业政策调整时期，也是乡镇社会治理模式转型的时期。“后农业税时代”与乡镇治理之间有着直接的因果关系，免除农业税改革使乡镇社会的原有矛盾显现，反过来，也为乡镇治理模式创新提供了不同的动力和社会环境。以中国政治变迁的趋势观之，乡镇民主自治可能是乡镇社会治理的方向。但考虑中国传统历史文化和农村社会之现状，在较长的一个时期内，乡镇作为一级政府不宜作大的调整，仍将承担中国农村现代化之重任。然而，“后农业税时代”的乡镇改革，也不能局限于机构改革本身，要放到一个更大视野和框架内去思考，从农村政治、经济、文化、社会等方面，从政府、社会、农民、市场和城乡等诸多关系中进行综合思考。笔者坚持“后农业税时代”的乡镇治理，既不能沿袭过去的“积极行政”模式，也不能采取“消极行政”或“乡镇自治”，而应当走现有体制内改革创新之路，是一个如何“科学行政”问题。“科学行政”乡镇治理模式的创新，强调的是以科学发展观统筹城乡发展，是一种综合、整体、多元的分析视角和治理思路。从横向关系观之，包括乡镇功能的科学设定、乡镇机构规模的科学配置和乡镇权力机制的科学民主。从纵向关系观之，包括乡镇政府的主导引导，农村社会服务化体系的完善和农民主体的自主参与。这纵横两种层面之间的和谐统一，加之相关的配套政策的措施，既要有乡镇治理的远期发展目标，又要符合实际的阶段性政策，便形成了一个能促进农村经济社会发展，维护社会稳定和农民切身权益相统一的治理模式。