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青海云杉（Picea crassifolia Kom.）属于松科（Pinaceae）云杉属（Picea）,是我国特有的常绿针叶乔木,是西北地区重要的造林和城市绿化树种。本论文主要对甘肃省张掖龙渠青海云杉无性系种子园的125个无性系进行了两方面的研究:（1）青海云杉ISSR-PCR反应体系的建立和优化,以及引物的筛选;（2）基于ISSRs的青海云杉无性系的遗传多样性和遗传关系的研究。采用正交试验设计和单因素分析方法,建立了青海云杉ISSR-PCR最适反应体系。在20.0μL反应体系中包含:模板DNA(5-10 ng·μL-1)2.0μL、Mg2+(25 mmol·L-1)2.8μL、10×PCR缓冲液2.8μL、引物(10μmol·L-1)0.8μL、dNTPs(10 mmol·L-1)0.3μL、Taq DNA聚合酶(5 U·μL-1)0.2μL、HPLC超纯水11.1μL。PCR扩增程序为:94℃预变性4 min;40个循环:94℃变性45 s;49.5-50.5℃退火45 s,72℃延伸2 min;最后72℃延伸7 min,4℃保存。利用上述已建立并优化的ISSR-PCR反应体系,从100条ISSR引物中筛选出12条谱带清晰、多态性好、反应稳定的青海云杉有效引物。运用筛选出的ISSR引物,对甘肃省张掖龙渠青海云杉无性系种子园的125个无性系的遗传多样性进行了分析。共发现186个ISSR多态性位点,多态性位点百分率为PPL=100.00%,平均有效等位基因数ne=1.2843;平均Nei’s基因多样性指数He=0.2074,平均Shannon多态性信息指数I=0.3502;UPGMA聚类分析将125个无性系明显地区分开来,并划分为3个大组,揭示了青海云杉无性系之间的遗传关系。本研究结果将对种子园的遗传资源保护、无性系合理配置、以及扩大种子的遗传基础和提高种子的遗传品质提供重要的理论依据和实践指导;对于祁连山区水土保持、特色树种资源合理开发利用,促进地方经济的发展,也具有重要的生态、经济和社会意义。