令灵山土鸡黑羽公鸡和温氏401黄羽母鸡以及灵山土鸡黑羽母鸡和温氏405黄羽公鸡分别进行测验杂交,F1代只有麻羽鸡的亲代灵山土鸡个体为纯合黑羽鸡,F1代出现黄羽鸡的亲代灵山土鸡个体为杂合黑羽鸡。令F1代麻羽鸡自交,F2代出现四种羽色：黑羽、麻颈黑羽、麻羽、黄羽。本研究利用PCR-RFLP方法对上述三个世代(亲代：纯合黑羽灵山土鸡30只、杂合黑羽灵山土鸡15只,温氏黄鸡30只；F1代：麻羽鸡30只、黄羽鸡15只、浅黄羽鸡3只；F2代：黑羽鸡20只,麻颈黑羽鸡26只、麻羽鸡80只、黄羽鸡20只)进行了MC1R的的多态性研究和羽色遗传分析。亲代中：纯合黑羽个体的基因型均为EE,温氏黄鸡的基因型均为ee型。表明MC1R的多态性与扩散基因E的等位基因具有高度的对应性。杂合黑羽个体的基因型分为两种：EE和Ee。Ee型因含e基因而出现了黄羽后代。F1代中：麻羽鸡的基因型均为Ee；15只黄色个体的基因型为ee；3只浅黄羽鸡的基因型为Ee。推测灵山土鸡羽色除了受E基因控制外,还有被黄羽基因BU和BU’共同控制,BU和BU’分别对bu和bu’功显性。如果BU和BU’的基因频率大于E的基因频率时,BU和BU’对E产生上位作用表现为浅黄羽,故浅黄羽鸡基因型为Ee BUBUBU’BU’;杂合黑羽鸡(Ee型)的基因型为Eebububu’bu’。通过对F2代中四种羽色的基因型研究：发现随着E基因频率的降低,鸡的颜色呈阶梯式黑变黄。并且后代羽色的分离比与遗传学分离比基本相同。