本论文包括三部分： 第一章：分子系统地理学概述与虾蟹类分子系统地理学研究进展。 第二章：用线粒体cyt b基因全序列探讨中国大陆绒螯蟹(Eriocheir)种群遗传结构。对8水系13样地239个体的cyt b全序列变异分析和SSCP分型，共定义35个单元型。基于所有单元型构建的ML和Baysian系统发生树均支持2大分支的划分，即日本绒螯蟹中华亚种支(sinensis clade)和合浦亚种支(hepuensis clade)。北方水系中，来自辽河、鸭绿江和瓯江水系的中华单元型支都被嵌套在长江水系单元型支之内，说明这3个水系绒螯蟹都与长江水系的绒螯蟹有着密切的亲缘关系，提示它们都可能是由长江水系的中华绒螯蟹派生而来。种群单元型杂合度与种群间遗传距离提示，瓯江、青年河种群可能是两亚种高度混合群。基因流方向在北方4种群间主要由北向南，而在南方种群中则主要由南向北。歧点分布和中性检验提示中国大陆绒螯蟹具有相对复杂的种群历史和种群结构。最小跨度网络图分析，中华亚种和合浦亚种都存在各自独有的祖先单元型，其它单元型都是以祖先单元型为中心呈星状辐射，支持两亚种种群曾经存在的扩张现象。该结果虽与歧点分布分析获得的双峰结构不符，却与Fu’s揭示的两亚种种群发生过快速的扩张现象相吻合。考虑歧点分布的双峰结构可能说明两亚种种群具有相对复杂的种群历史或种群结构，对于两亚种种群在历史进化过程中经历过何种复杂的历史事件，尚需作进一步研究。长江水系的安徽滁州样地和南京-马鞍山江段绒螯蟹具有较好的遗传多样性，应加以保护，以保存其野生资源。 第三章：通过巢式PCR方法，获得中华绒螯蟹(Eriocheir japonica sinensis)和合浦绒螯蟹(E．j．hepuensis)线粒体DNA控制区的3条全序列和6条部分序列。基于9条序列的比对分析，绒螯蟹线粒体DNA控制区分为2个区段：即高度变异区(586bp)和串联重复区。高度变异区在2亚种间存在58个固定变异位点，表现出高的遗传差异。串联重复区在2亚种间存在重复单元的变异和重复单元重