部分中国黄牛BoLA-DQB、DRB基因及其上游调控区序列分析

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MHC即主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex)是由紧密连锁、高度多态的基因位点所组成的染色体上的一个区域,在机体的免疫应答调控和免疫识别过程中发挥着重要作用.该研究采用测序法,分别对恩施黄牛、秦川牛、皖南牛、温岭高峰牛、廷边牛的MHC-Ⅱ类基因DQB和DRB<,3>及其上游调控区序列进行分析,以揭示中国黄牛MHC基因的分子遗传多样性,得到以下结果:(1)该研究在中国黄牛中共发现127种DQB<*>exon2等位基因,恩施黄牛中36个,秦川牛中42个,皖南牛中35个,温岭高峰牛中40个,延连牛中42个.(2)127种DQB<*>exon2等位基因之间共存在85个(79Pi+6S)多态位点,占序列总长度的31.48﹪.在DQB<*>exon2等位基因和DQB<,3><*>exon2等位基因中,发生非同义替换的多态位点均主要分布在抗原结合位点对应的编码序列中.(3)127种DQB<*>exon2等位基因编码的氨基酸序列之间共存在41个(40Pi+1S)变异位点.按照品种划分,恩施黄牛40个(36Pi+4S);延边牛39个(36Pi+3S);秦川牛37个(36Pi+1S);温岭高峰牛37个(34Pi+3S);皖南牛最少,为36个(34Pi+2S).将各个变异位点的氨基酸组成进行品种间比较,通过卡方检验证明,第13、77和86位点的氨基酸组成在品种间具有显著差异(p<0.05),第28位和第75位差异极显著(p<0.01).其中包含了第13、28和86位共3个抗原结合位点.(4)在35种BoLA-DQB<*>exon2等位基因上游共检测到28种DQB-URR等位基因.DQB<*>exon2等位基因中除了Q-19、Q-36、Q-38分别只与一种DQB-URR等位基因相对应外,其余的均分别对应两种DQB-URR等位基因.(5)在28种BoLA-DQB-URR等位基因和12种BoLA-DRB-URR等位基因中均存在与HLA-Ⅱ类基因上游调控区中类型一致,且排列顺序一致的与基因表达调控有关的调控元件,包括W box、X box、Y box、CCAAT box以及类TATA box.(6)BoLA-DQB-URR等位基因中,调控元件W box、X box、Y box以及类TATA box是多态的,CCAAT box是保守的.另外,在调控元件之间也分布着多态位点.(7)对于BoLA-DQB、DRB基因,相同的结构基因都可以与不同的URR相对应,反之亦然.说明启动子与结构基因之间并不存在严格的对应关系,其对应关系是可变的.另外启动子之间的同源性与其对应的结构基因之间的同源性不一致.
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