SNPs标记应用于猪肉DNA溯源技术的研究

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目前,肉类食品的安全性越来越受到人们的关注,建立肉类食品的溯源体系可实现肉品产地的快速溯源,减小污染传播范围,最大限度地降低风险和损失。肉类食品溯源的技术方法有很多,如标签溯源技术、虹膜溯源技术和DNA溯源技术等。与其他溯源技术相比,DNA溯源技术具有易分型,便于规模化、自动化检测等优点,它不仅可以对活体动物进行溯源,还可以对胴体分割后的每一块肉,甚至是经过加工后的熟肉进行溯源,可以真正做到从生产到餐桌的全程溯源。DNA溯源技术中的SNPs标记,具有易分型,检测快速、适用于高通量、自动化检测的优点。因此,本研究选取了第三代分子标记—-SNPs标记,开展了其在猪肉DNA溯源技术中的应用研究。1.SNPs标记HRM检测方法的研究将SNPs标记的检测方法高分辨率熔解曲线法(HRM法)与传统RFLP-PCR法和TaqMan探针法进行检测结果的准确度、实验操作的方便程度以及检测成本、检测时间等比较。结果表明,HRM法是一种更适合应用于DNA溯源技术的检测方法,特别是更适合于SNPs有效位点的筛选。2.不同组织中提取DNA样品的比较为了后续实验采样方便,分别对比了从猪的肌肉、血液以及毛发中提取的DNA样品。实验证明从猪的三种不同的组织中提取的DNA样品均能够满足高分辨率熔解曲线法的检测需要。但由于从肌肉和血液中提取的DNA样品蛋白质杂质较少,检测结果的重复性更好。3.有效SNP位点的筛选从已报道的文献及NCBI上选取了10个猪的SNP位点。利用HRM法对299个样品的所有位点进行了基因型检测。通过计算每个位点的基因杂合度发现这10个SNP位点的基因杂合度均在0.4以上。因此,都能够应用于猪肉及其制品的DNA溯源。4.DNA溯源系统的构架在实验室原有的猪肉追踪溯源系统的基础上,将DNA溯源技术与该系统相结合,开发了应用软件“肉品DNA溯源系统v1.0”。这一系统填补了肉类产品宰后溯源的空白,为今后DNA溯源技术的大规模应用奠定了基础。
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