随着生物技术的发展成熟，生物医药这一新兴市场的活力初步显现。根据国家统计局部门统计数据(2007)，2006年中国医药行业中生物生化子行业发展速度高于医药全行业平均水平，对全行业的增长起到一定的拉动作用。生物、医药企业是“强烈的以科学为基础的企业”。生物医药企业的发展代表了一种新的“基于科学”的创新模式。由于技术的实用性和生产指导作用，“基于科学的创新”一直以来都被“基于技术的创新”的光辉所掩盖，未被重视和深入研究。甚至于，不少研究还混淆了科学与技术的本质内涵。鉴于此，本研究从科学与技术的概念区别出发，引出关于生物医药企业“基于科学的创新”的研究。首先，通过文献阅读，在公共基础研究评估和社会科学能力结构、企业技术能力结构的基础上，结合目前已有的对企业科学研究影响和技术的科学依赖性的探讨，本研究提出了企业科学能力的概念，探讨它对企业创新绩效影响的概念模型。企业科学能力是企业整合内外部基础研究资源，以开发或获取基础研究成果的能力，它为企业持续技术创新提供发展指向和前期科学理论积累。企业科学能力对于创新绩效的影响受企业技术能力的中介作用。其次，通过问卷调查和企业访谈(厦门、杭州、上海、深圳)，本文对企业科学能力的结构和影响机理进行实证研究。在SPSS数据分析的基础上调整组成因素，验证概念模型。结果表明，企业内外部科学能力对创新绩效都具有显著正向影响，而且内外部科学能力除了对创新绩效有技术能力的中介效应以外，还有科学能力的直接效应。其中，科学人才投入、基础研究设备共享、外部科学资源的整合利用是较值得重视的因素。最后，笔者对回归结果作深入讨论，并结合访谈案例作相关分析。然后在理论和实证的基础上，本研究提出了以企业科学能力为核心的“基于科学”的发展模式，给企业提出相应的对策建议，并对以后该领域的研究发展作些展望。