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益生菌发酵饲料是饲料原料接种益生菌菌种进行发酵后获得包含饲料原料、菌体及其代谢产物的混合物。本试验选取48头体重为55.31±1.98kg的杜×长×大阉割公猪,随机分为2组,每组24头,每组6个重复,每个重复4头猪,分栏饲养,分别饲喂基础普通日粮(对照组)与EM复合益生菌全价发酵饲料(试验组),体重达到110kg左右出栏体重时从每个重复中挑选一头猪进行屠宰取样。采用全自动血细胞分析仪分析育肥猪血液常规生理指标的变化,采用ELISA检测育肥猪血清中免疫球蛋白含量和炎症因子水平,使用RT-PCR检测育肥猪血液和肠道免疫相关基因的表达,采用Hiseq高通量测序方法检测育肥猪十二指肠和结肠内容物及其黏膜样本中细菌菌群组成,采用基于LC-MS的非靶向代谢组学检测结肠内容物中代谢产物的组成。获得以下结果:1.试验组和对照组在白细胞数,淋巴细胞绝对值,中间细胞绝对值,粒细胞绝对值,红细胞数和血小板数等方面无显著差异(P>0.05)。益生菌发酵饲料组血清中免疫球蛋白IgG和IgM含量显著高于对照组(P<0.05),此外,血清中IgA和炎症因子(IL-10和TNF-α)的水平没有显著影响(P>0.05)。试验组血液中免疫相关基因TLR3、TLR4、TLR6和TLR8的表达显著高于对照组(P<0.05)。2.试验组十二指肠的TLR5、TLR1、TLR2、TLR4、TLR9、PBD-1和PR-39的表达水平显著高于对照组(P<0.05),在结肠部位具有统计学意义的有TLR1、TLR2 TLR4、TLR5、TLR7和PBD-1的表达水平显著高于对照组(P<0.05)。3.益生菌发酵饲料能够显著提高十二指肠绒毛高度(P<0.05),对十二指肠和结肠内容物及其黏膜微生物菌群的多样性没有显著性影响,显著降低十二指肠内容物中的拟杆菌门和疣微杆菌门的比例(P<0.05),显著降低结肠内容物中拟杆菌门、变形菌门和疣微杆菌门的比例(P<0.05)同时显著提高厚壁菌门和放线菌门的比例(P<0.05)。十二指肠黏膜菌群中柔膜菌门比例显著低于对照组(P<0.05),结肠黏膜菌群中试验组变形杆菌门极显著高于对照组(21.45%vs 1.03%)(P=0.007),试验组柔膜菌门显著低于对照组(P<0.05)。4.非靶向代谢组学的结果发现,在正负离子模式下共鉴定到1351种代谢物在益生菌发酵饲料组和对照组之间显著不同,其中上调的代谢物有293种,下调的代谢物有1058种。共影响14条代谢通路,其中C5-支链二元酸代谢和嘌呤代谢两个通路具有显著性差异(P<0.05)。综上所述,将益生菌发酵饲料进入育肥猪肠道能够刺激全身免疫系统改善免疫指标;优化肠道微生物群落;同时其在肠道发酵产生的代谢产物作用于动物机体产生积极影响,该研究为益生菌发酵饲料在规模化猪场作为抗生素的替代品开展无抗养殖提供潜在解决方案。