中华蜜蜂(Apis ceranacerana Fabricius)属于膜翅目(Hymenoptera)蜜蜂总科(Apoidea)、蜜蜂亚科(Apidae)、蜜蜂属(Apis),广泛地分布在我国境内,作为一种重要的传粉昆虫,其具有很高的生态和经济价值。秦巴山区域内气候差异明显,是探讨在异质性环境以及地理阻隔作用下种群遗传分化和遗传多样性研究的理想场所。目前秦巴山区中华蜜蜂遗传多样性的相关基础研究尚不充足,因此本研究选取陕西秦巴山区三大地理区域的20个地理种群中华蜜蜂,应用微卫星和线粒体DNA两种标记对陕西秦巴山区中华蜜蜂进行遗传多样性研究,为该地区中华蜜蜂的保护和发展提供理论依据。主要结果如下:1)16个微卫星位点共扩增出175个等位基因,平均期望杂合度为0.699,平均观察杂合度为0.652,平均等位基因数为10.938,全部位点的多态信息含量PIC均大于0.5,所选用的微卫星位点在陕西秦巴山区均呈现出较高的多态性,能够提供较多的遗传信息。各地理种群的平均等位基因数为6.281,有效等位基因数为3.852,所有数值都低于等位基因数,说明16个位点的等位基因数在各种群中呈不均匀分布;Shannon指数平均值是1.462,各种群的观测杂合度平均值是0.652,期望杂合度的平均值是0.699,这些参数均能表明陕西秦巴山区中华蜜蜂遗传多样性丰富。除了镇坪种群,其他地理种群期望杂合度均大于观察杂合度,近交系数大于0,表现出杂合子缺失,从整体上看,各地理居群表现出杂合子缺失的现象。Hardy-Weinberg平衡检测发现,仅有个别种群在其中两个位点存在偏离。通过Bottleneck分析,镇坪种群可能经历过瓶颈效应。基因流都大于1,遗传分化Fst都小于0.05,说明陕西秦巴山区中华蜜蜂基因交流频繁,遗传分化程度非常小。分子方差分析显示陕西秦巴山区中华蜜蜂遗传变异基本上发生于群体内部,高达97.36%,种群间的遗传变异极小。空间遗传结构分析显示陕西秦巴山区中华蜜蜂种群遗传距离与地理距离、遗传分化指数与地理距离并无显著相关性。基于Structure聚类分析、基于Nei氏遗传距离的UPGMA聚类树和主成分分析显示,陕西秦巴山区三大地理种群中华蜜蜂没有明显分化,聚在一起,与所选广东外群分化明显。2)测定陕西秦巴山区中华蜜蜂线粒体的tRNAleu～COⅡ片段,约为480bp,其中含有一段非编码区和部分COⅡ序列(1～259bp)。编码区和非编码区都表现出A+T碱基偏倚性。编码区共21个变异位点以及有16种单倍型,其中9种为共享单倍型,其他7种为各种群特有单倍型,单倍型多样度是0.507,平均核苷酸差异是0.734,核苷酸多样度是0.00284。非编码区变异位点数为13个以及有19种单倍型,其中10种为共有单倍型,其他9种为种群特有单倍型,单倍型多样度为0.422,平均核苷酸差异0.516,核苷酸多样度为0.01902。编码区COⅡ和非编码区种群之间的遗传距离范围分别是0.000～0.009和0.000～0.013。分子方差分析显示群体内的遗传变异值分别是85.02%和93.52%,可见,遗传变异主要来自群体内。两个种群之间的地理坐标距离与Kimura双参数距离没有明显的相关关系。构建了陕西秦巴山区地理种群的编码区COⅡ和非编码区的单倍型网络图和分子系统树,编码区COⅡ以印度蜜蜂做外群,陕西秦巴山区中蜂聚类比较集中,与国内外其他东方蜜蜂聚在一起;非编码区陕西秦巴山区聚在一起,与外群均分开。两个基因区域的聚类结果存在些许差异,但是从整体来看,陕西秦巴山区种群聚在一起,并没有产生明显的遗传分化。同时联系构建的单倍型网状分析图也可明显得出相同的结论,虽然东方蜜蜂这些亚种间具有一定的分化,但是从整体上来看并没有太大的差异。3)通过对陕西秦巴山区中蜂微卫星和线粒体DNA进行分析,显示陕西秦巴山区中蜂遗传多样性水平较高,种群间遗传分化不明显,基因交流比较频繁,种群间的遗传距离与实际地理坐标距离没有明显的相关关系,形成其独特的遗传背景。在目前中华蜜蜂已呈碎片化分布的背景下,应优先开展对该地区中华蜜蜂的保护。