论文部分内容阅读
第一部分胆管癌组织及癌旁组织circRNAs差异性表谱筛选及生物信息学分析目的:检测胆管癌(Cholangiocarcinomas,CCA)组织及癌旁组织环状RNA(circRNAs)表达谱,筛选癌组织及癌旁组织中差异表达的circRNAs;利用生物信息学分析方法预测差异表达circRNAs靶基因的生物学功能及相关通路,进一步探索胆管癌发生的分子机制。方法:利用基因芯片对3例配对胆管癌组织及癌旁正常组织circRNAs表达谱测序,筛选出差异性表达circRNAs;并对差异表达的circRNAs进行生物信息学分析预测下游靶基因的相关功能及信号通路。Arraystar软件预测选择的hsacircRNA00058515所结合的下游靶miRNA,对hsacircRNA00058515/miRNA相互作用详细注释。结果:基因芯片共检出13253个circRNAs,按P<0.05为筛选标准筛出697个差异表达circRNAs,其中387个circRNAs上调表达,310个circRNAs下调表达;按表达量差异倍数(fold change,FC)>1.5且P<0.05为筛选标准,筛出221个差异表达circRNAs,其中117个circRNAs上调表达,104个circRNAs下调表达。GO富集分析发现胆管癌组织上调表达circRNAs宿主基因可能参与核酸代谢、含核碱基化合物代谢、调节细胞代谢等生物学过程;可能参与细胞核、核质、胞内、胞内细胞器等细胞分子功能;可能参与杂环化合物结合、有机环状化合物结合、ATP结合、腺嘌呤核糖核苷酸结合等细胞组分。KEGG富集分析发现胆管癌组织上调表达circRNAs的宿主基因与癌症的蛋白多糖、肝细胞癌、ErbB信号通路、甲状腺激素信号通路、非小细胞肺癌、MAPK信号通路、癌症的miRNA等有关。GO富集分析发现胆管癌组织下调表达circRNAs宿主基因可能参与RNA分解代谢、细胞大分子分解代谢、mRNA代谢、高分子分解代谢等生物学过程;可能参与胞质、胞内等分子功能。可能参与蛋白质结合、RNA结合、杂环化合物结合、ATP结合等细胞组分。KEGG pathway富集分析发现胆管癌组织下调表达circRNAs的宿主基因与志贺氏菌感染、内质网蛋白质加工、细菌入侵上皮细胞、RNA降解、TGF-β信号通路、神经营养因子信号通路、粘附、调节肌动蛋白细胞骨架、泛素介导的蛋白水解、信号通路调节干细胞的多能性等有关。结论:circRNAs在胆管癌组织及癌旁组织存在差异表达,生信分析提示差异表达circRNAs可能参与胆管癌的发生。第二部分hsacircRNA000585在胆管癌组织表达及功能验证目的:选择在胆管癌组织中上调表达的hsacircRNA000585扩大样本进行实时定量逆转录聚合酶链反应(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证,并对其下游靶mir-615-5p和AMOT/YAP的表达水平进行qRT-PCR检测。方法:hsacircRNA000585、mir-615-5p和AMOT/YAP的表达水平在15例配对的胆管癌组织及癌旁组织进行qRT-PCR检测,对比癌组织及癌旁组织差异表达,并绘制受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic,ROC)评价hsacircRNA000585作为胆管癌诊断标志物的价值。结果:hsacircRNA000585在胆管癌组织中表达显著上调,与初筛结果一致,mir-615-5p显著下调表达,AMOT/YAP在胆管癌组织中上调表达,据此,我们推测hsacircRNA000585作为mir-615-5p分子海绵调控靶蛋白AMOT/YAP参与胆管癌的发生。ROC曲线评价hsacircRNA000585作为生物学标记物诊断胆管癌的敏感性为0.467,特异度为0.933,AUC为0.693(95%CI 0.519-0.868)。结论:hsacircRNA000585在胆管癌组织差异表达可能作为胆管癌的诊断标志物,hsacircRNA000585/mir-615-5p/AMOT/YAP通路可能参与胆管癌的发生。