大学组织是一个开放的社会系统。外部环境影响着大学组织的输入、组织结构与运作系统以及产出。外部环境随时都在发生着变化,具有显著的不确定性,同时外部环境能为大学组织运作以实现其目标提供稀缺资源,大学组织通过向外部环境提供有价值的产出来交换稀有资源(如财政、人力、信息和知识、产品和服务等)。不确定性和依赖性这两大环境因素制约着大学组织的发展,同时也是推动大学组织结构与运作系统变革的助力器。环境多变既需要组织灵活应变,又需要组织具有较大的抗风险能力,即组织建设要融大和小的好处于一体,才能积极应对环境不确定性的影响。大学组织是知识资源存储、创造、传播和应用的集结地,人力资源高度密集,是社会经济发展的人才库和智力库。大学组织管理具有学术管理和行政管理的双重属性,对大学组织而言,学术管理重于行政管理,学术管理强调分权管理。大学组织的知识分布特点决定了大学组织决策中信息成本高昂而代理成本较低,因此,大学组织适宜采用分权管理。当今知识经济社会,大学已由教学、科研双重使命向教学、科研和社会服务三重使命转变。计划经济体制下形成的大学组织结构和运作系统,表现为大学对专业二级学院管理具有权力不均衡性、同一性和封闭性以及指令性特征;专业二级学院内部教学、科研和社会服务管理中的三重标准,科层制和专业化的矛盾,使专业二级学院缺乏活力,阻碍了大学整体功能的提高。合理划分大学和专业二级学院在管理中的职责与权限是实现协调管理的基础,处理好大学和专业二级学院之间集权和分权的矛盾是协调管理工作的核心任务,通过协调管理实现大学组织系统“整体大于部分之和”的管理目标。大学与专业二级学院协调管理的对策是:管理重心下移,指令性管理向指导性和监管性管理转移,同一性管理向差异性管理转移;专业二级学院内部协调管理的对策是:从思想建设和制度建设两方面入手,平衡专业二级学院内部教学、科研和社会服务三者之间的关系;管理层和教师层共同决策和共同提高。这样既能保证大学组织在宏观上统筹、规划、协调、指导、监督等职能,又能充分发挥专业二级学院在管理上的自主权,调动专业二级学院的积极性和创造性,激发专业二级学院的活力,提高大学组织的整体功能、管理效率和效益。