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目的:研究分析胃肠道间质瘤(GIST)中c-kit基因及PDGFRα基因突变特点,探讨其与肿瘤原发部位、临床病理特点及预后的可能关系。方法:用PCR扩增和基因测序的方法检测50例胃肠道间质瘤组织中c-kit基因第9,11,13外显子和PDGFRA基因第12,18外显子的序列,分析胃肠道间质瘤基因突变的发生规律,结合患者临床特征及随访资料,探讨基因突变与胃肠道间质瘤临床特点及预后之间的关系。结果:在50例GIST中共检测到c-kit基因突变32例,占64%,其中11号外显子突变30例,占有突变病例的88.2%;9号外显子突变1例,占2.94%;13号外显子突变1例,占2.94%。绝大多数为杂合性突变,仅2例为纯合性突变。11号外显子突变方式以点突变最常见,占50%(15/30),其次为缺失突变11例占36.7%(11/30)和插入突变4例占13.3%(4/30)。突变位点多集中在5′端的经典热区,其次为3′端的框内串联重复。PDGFRα基因的突变共检测到2例占无c-kit突变病例的11.1%(2/18),占CD117阴性GIST的50%(2/4),外显子18的突变1例,外显子12突变1例。比较GIST的基因突变率在不同组别中的差异(肿瘤原发部位、年龄、性别、肿瘤大小、细胞形态、核分裂、恶性潜能分级)。胃GIST的总突变率及c-kit外显子11突变率较其他部位GIST高,差异具有显著性(χ~2=5.061,P=0.024;χ~2=7.346,P=0.007),(χ~2=4.20,P=0.04;χ~2=8.75,P=0.013)。梭行细胞型肿瘤,突变率较其上皮细胞型及混合细胞型两组为高,差异具有显著性(χ~2=8.324,P=0.016;χ~2=6.380,P=0.041)。GIST的基因突变率及突变方式与年龄、性别、肿瘤大小、核分裂、恶性潜能分级等均无显著性关系。结论:1.大部分的GIST存在c-kit基因的突变,在无c-kit基因突变的GIST中有一部分存在PDGFRα基因的突变。2.c-kit基因突变主要集中在第11号外显子。突变的方式频率由高到低依次为点突变、缺失突变和串联重复插入。3.胃GIST中c-kit exon11突变率较小肠、结直肠及胃肠道外GIST的突变率高。4.梭型细胞型GIST总突变率及c-kit exon11突变率较上皮细胞型及混合细胞型GIST高。5.c-kit基因突变率及突变方式与GIST的大小、核分裂相、恶性潜能及预后没有显著性关系。