马铃薯晚疫病菌快速分子检测与群体遗传多样性分析

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由致病疫霉(Phytophthora infestans)引起的马铃薯晚疫病是我国大多数马铃薯主产区最具毁灭性的卵菌病害,该病严重发生时可造成绝收,同时在马铃薯贮藏期还可造成烂窖,是马铃薯产业发展的巨大障碍。开发晚疫病菌快速分子检测技术可以为检查种薯晚疫病菌的带菌率、晚疫病的早期诊断提供技术支撑,而对病菌群体遗传多样性的研究可为病菌群体演化和病害流行的科学测报提供理论依据,进而可有效地促进我国马铃薯产业健康发展。  1.建立了致病疫霉实时荧光环介导等温扩增检测方法。基于Ypt1基因设计了一套特异性引物,分别是两条外引物F3、B3,两条内引物FIP、BIP,两条环引物LB、LF;优化出了反应体系,25μL反应体系,内引物1.2μM,外引物0.32μM,环引物0.68μM,dNTPs1.8mM,MgSO41.5mM,8U/μL Bst DNA聚合酶添加量3.2μL,10×ThermoPol Reaction Buffer添加量2.5μL,8 U/μL Bst DNA聚合酶添加量为3.2μL,DNA模板添加量2μL,50×SYBR GreenⅠ添加量0.3μL,用ddH2O补足至25μL;该方法检测灵敏度为371pg/μL,比普通PCR的灵敏度高10倍。  2.建立了致病疫霉实时荧光定量PCR检测方法。基于Ypt1基因设计了一套特异性引物;反应体系为上下游引物各0.5μL,Bestar SybrGreen Qpcr mastermix10μL,ddH2O8μL。该方法灵敏度为1.9×103copies/μL,即529ag/μL,比普通PCR检测灵敏度高104倍。  3.测定了2015年采自东北和华北地区150株晚疫病菌的线粒体DNA单倍型,分析了2013年至2015年该区域450株晚疫病菌线粒体DNA单倍型的组成与变化。2015年,共检测出ⅠR3,ⅠR2,ⅡR1,ⅡR3四种单倍型,与2013-2014年本实验室东北和华北地区致病疫霉线粒体单倍型结果相比,ⅠR3、ⅡR3、ⅠR2在三年间稳定存在。2015年出现了一种新的线粒体单倍型ⅡR1。  4.测定了2015年采自东北和华北地区154株晚疫病菌的线粒体SSR基因型,分析了2013-2015年该454株晚疫病菌SSR基因型的组成与变化。扩增子在100~305bp范围内,等位基因的遗传频率分布0.0033~0.9933之间。2013年,152个致病疫霉菌株共29个等位基因,2014年148个致病疫霉菌株共23个等位基因,2015年154个致病疫霉菌株共23个等位基因,基因型分析结果表明,2013-2015年共发现96个SSR基因型。在2013年152个致病疫霉菌株共发现34种基因型,2014年148个致病疫霉菌株中共发现24种基因型,2015年154个致病疫霉菌株中检测到45种基因型,优势基因型在年度间均有变化。相对于前两年而言,2015年,致病疫霉群体的遗传多样性较丰富。
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