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本研究采用微卫星分子标记对2002年和2013年藏羚羊种群的遗传多样性进行分析，以评估近10年间藏羚羊的遗传多样性变化趋势。主要研究结果如下：1．选取16对多态性微卫星引物对QH2002种群进行遗传多样分析。结果显示这16对微卫星引物在该藏羚羊群体中共检测到103个等位基因，每对引物在藏羚羊群体中都分别检测到7个以上的等位基因，平均等位基因数为12；各微卫星引物的有效等位基因数在3.84～13.32之间，平均有效等位基因数为7.87；16个微卫星标记的多态信息含量在0.7078～0.9134之间，其平均值为0.836；16个微卫星标记的观测杂合度在0.0366～0.8795之间，平均观测杂合度为0.4386，期望杂合度在0.7399～0.9249之间，平均期望杂合度为0.8565。以上结果显示出QH2002群体遗传变异较大，遗传多样性较丰富。2．选取15对多态性微卫星引物分析QH2013和XZ2013合并种群的遗传多样性，研究结果显示这15对微卫星引物在该藏羚羊群体中共检测到122个等位基因，每对引物在藏羚羊群体中都分别检测到17个以上的等位基因，平均等位基因数为23；各微卫星引物的有效等位基因数在5.54～15.87之间，平均有效等位基因数为10.59；15个微卫星标记的多态信息含量在0.8452～0.9387之间，其平均值为0.9075；15个微卫星标记的观测杂合度在0.1770～0.7708之间，平均观测杂合度为0.4486，期望杂合度在0.8194～0.9291之间，平均期望杂合度为0.8938。以上结果显示出QH2013和XZ2013合并种群遗传变异较大，遗传多样性较丰富。分子变异分析显示藏羚羊种群间的遗传变异指数为1.78%，种群内的遗传变异指数为98.22%，结果表明藏羚羊的遗传变异主要存在于种群内部而非种群之间，藏羚羊种群间不存在明显的遗传结构。青海和西藏种群间的遗传分化系数为0.02，种群间每世代的迁移个体数达31个，存在较大的基因流。3．通过对2002年和2013年两个藏羚羊种群的各项群体内遗传变异参数进行比较分析得出，2013年的各项指标相比2002年均有所增大，表明藏羚羊遗传多样性呈上升态势。国家对藏羚羊保护力度的加大和自然保护区的设立是藏羚羊种群持续增长和种群间基因流增加的重要原因，有助于藏羚羊遗传多样性的提高。