中国(上海)自由贸易试验区(下文简称上海自贸区)是我国境内的特殊区。上海自贸区的知识产权保护涉及多个方面,但由于认识的偏差,制度的缺失以及可供借鉴经验的匮乏,上海自贸区容易成为海关监管的空白区;此外,发达国家主导的多边国际贸易协定相继诞生,如意图授权过境国对过境贸易采取边境措施,也给上海自贸区带来了新的挑战。知识产权边境保护是衡量一国知识产权保护水平的重要标准之一,对一国维护国内商品市场秩序及国际贸易形象均有重要意义。因此,研究自贸区知识产权边境保护问题及构建自贸区知识产权边境保护制度成为当务之急。本文首先从国际条约、国内立法和自贸区相关法规入手,梳理和更正对自贸区的认识偏差,得出海关在自贸区内同样具备监管执法权的结论。然后,分析发达国家自贸区知识产权保护的实践经验,结合上海自贸区知识产权边境保护制度的实际情况,指出我国海关实施知识产权边境保护的现存问题,如立法冲突、主动执法成效低、保护范围欠妥、专利保护效果不佳和对过境贸易缺乏监管等。接着,分析过境贸易的性质与国际条约的相关规定,对自贸区过境贸易的知识产权边境保护问题进行分析,结论为我国海关有权在自贸区内对过境贸易实施合理的边境措施。最后,从创立快速鉴定机制、出台自贸区特别法和灵活运用国际争端解决机制三方面,对上海自贸区对过境贸易的监管依据和监管方式等方面提出建议。