当代科学技术发展日新月异,创新成为推动经济社会发展的主导力量,科学技术在解决人类可持续发展的一系列重大问题上发挥着日益重要的作用。各国政府,都十分重视区域自主创新能力的培养,将其视为“驾驭21世纪经济发展的强大支柱”,纷纷制定了发展区域自主创新能力的规划及指导计划。本论文从区域创新环境、区域创新基础等角度全面的分析了重庆市区域自主创新能力;在对现状分析的基础上构建了区域自主创新能力评价指标体系,并运用灰色关联理论将重庆市与国内七个典型省市进行比较。结果显示虽然重庆市区域自主创新能力取得巨大进步,但在全国仍然处于较低水平,在此基础上,文章结合重庆市的实际情况有针对性的提出了重庆市区域自主创新能力提升的策略;最后为保障相关策略的有效执行,有针对性的提出了政策建议。