糜子是中国传统“五谷”之一,抗旱耐贫瘠,是干旱半干旱地区的重要作物。目前已有两个糜子品种的参考基因组发表。这两个基因组主要是以全基因组鸟枪法测序策略结合Illumina测序技术、PacBio测序技术、HiC技术和图谱技术完成的,其组装质量较好。BAC文库作为一种基因组资源,在基因组完善、功能基因研究、基因组比较等方面起着重要作用。本研究的主要目的是将糜子BAC文库与参考基因组进行整合,以便最大程度地利用BAC文库资源。本研究以糜子BAC文库中的9216个克隆为材料,利用CAPSS(克隆矩阵混合池鸟枪测序)策略和Illumina测序技术,经过两种途径解析BAC末端序列,最终将8262个BAC克隆定位到糜子参考基因组上,成功率为89.65%。其中通过双末端定位的克隆有5391个,通过单末端定位的克隆有2871个。随机挑拣55个BAC克隆通过Sanger法验证定位的准确性,其中54个BAC定位结果与其一致。通过BAC双末端定位结果,估计文库的平均插入片段大小为123.48 kb。通过将BAC末端序列与细胞器基因组进行比对,发现了 14个来自叶绿体基因组的BAC克隆,但没有发现属于线粒体基因组的BAC克隆。相对于Sanger测序法,本研究中所使用的方法极大地降低了获取BAC末端序列的成本,缩短了实验周期。BAC文库与基因组的整合可为获取包含特定功能基因的BAC克隆提供便利,为基因组序列校正和完善提供可靠保障,为分子育种和基因组功能研究奠定基础。