技术创新是经济增长、人类社会进步的重要源泉。本文主要从市场结构的角度研究企业R&D与创新效率之间的关系。自从熊彼特开创的创新传统以来,不同市场结构的企业R&D行为的策略选择就成为产业组织理论研究的热点,在企业规模、市场势力与创新增长的关系方面得到了大量研究结论,同时我国改革开放以来的经济增长“奇迹”中的技术贡献也是近年来中国问题研究的重要领域,并且改革开放以来我国科技发展的绩效要远逊于经济增长绩效。基于此,本文利用产业组织理论的基本分析SCP分析范式,使用理论模型与经验分析方法来分析我国的市场结构与研发行为和创新绩效的关系：第一部分为基础理论,主要介绍本文的研究主题与方法,及预期取得的研究结论；并对相关研究文献进行了梳理,主要从理论研究和经验研究两个方面来展开；同时还对我国改革开放以来的科技发展进行了简要论述,及对我国科技创新效率的相关研究进行了综述。第二部分是理论模型部分,主要通过构建的两个理论模型从横向结构和纵向结构两个方面来展开相关的研究。第三章通过改进的混合结构模型研究R&D策略选择与效率差异。通过设定一个反映市场化程度的目标函数来反映国有企业与私有企业的性质差异,以研究不同所有权性质的企业的R&D竞争与合作的效率差异,并研究了市场进入与创新效率的关系。第四章研究不完全竞争关系下的纵向创新。在考虑技术创新的不确定性、上下游企业的技术偏好的基础上,通过纵向创新模型研究非纵向一体化和不同形式的纵向一体化对企业R&D投资水平以及社会效率的影响。第三部分是经验研究部分,第五章利用我国高技术产业1996-2008年分产业地区数据,使用固定效应模型和随机效应模型方法主要研究了我国高技术产业的创新效率,主要从创新的产出效率和知识生产效率两方面来分析。利用构建的R&D支出价格水平指数测算了我国高技术产业1996-2008年的R&D资本存量；用测算得到的数据研究了我国高技术产业的创新产出弹性和知识生产弹性,并分别研究了政策支持因素、技术改造、获取因素对知识生产效率的影响。第六章主要研究中国工业企业的创新效率。利用中国工业企业数据库,使用Tobit模型研究企业规模、市场势力与我国工业企业创新产出及R&D投入之间的关系。最后为本文的结论部分。